Obecnie podstawowym terminem do zwrotu jest termin 60-dniowy. Nie mają znaczenia tzw. limity kwot do zwrotu w terminie 60 dni. Od grudnia 2008 r. nie obowiązują już reguły, że w zasadzie tylko podatnik dokonujący sprzedaży ze stawkami niższymi niż podstawowa oraz podatnik dokonujący zakupów środków trwałych mógł uzyskać w ogóle zwrot w terminie 60 dni (a w dodatku do pewnej wysokości). Przyjmowano zatem, że to zwrot w terminie 180 dni był terminem podstawowym.

Jeżeli w okresie rozliczeniowym podatnik nie wykonywał czynności opodatkowanych na terytorium kraju oraz nie wykonywał czynności poza terytorium kraju, kwotę podatku naliczonego może przenieść do rozliczenia na następny okres rozliczeniowy. Jednak nie musi, bowiem jeżeli złoży wraz z deklaracją podatkową „umotywowany wniosek”, to zwrot kwoty podatku naliczonego, podlegającego odliczeniu od podatku należnego w związku z prowadzoną działalnością gospodarczą, następuje w terminie 180 dni od dnia złożenia rozliczenia.

Niestety przepisy nie wskazują, czym musi być „umotywowany” ten wniosek. W praktyce, o ile podatnik rozliczył się prawidłowo, organy nie podważają tego prawa, bowiem w świetle orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (TSUE) już podmiot przygotowujący się do rozpoczęcia działalności (czyniący tym samym nakłady) uzyskuje status podatnika VAT.

Zwrot w terminie 180 dni jest zatem aktualnie rzadkością, bowiem rozwiązanie to było dość krytykowane – z orzecznictwa TSUE wynika także, iż podatnik ma otrzymać zwrot VAT w „rozsądnym terminie”. Zwrot różnicy w VAT nie jest też żadnym szczególnym przywilejem podatkowy, a jedynie wynika z konstrukcji podatku od towarów i usług.

Wyjątkiem jest jednak także zwrot w terminie 25 dni od dnia złożenia rozliczenia. Na wniosek podatnika, złożony wraz z deklaracją podatkową, urząd skarbowy jest obowiązany zwrócić różnicę podatku (nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym) we wskazanym terminie, o ile kwoty podatku naliczonego wykazane w deklaracji podatkowej wynikają z faktur i innych dokumentów (np. dokumentów celnych), zaś kwoty należności wynikające z tych dokumentów zostały w całości zapłacone.

Jeśli chodzi o zwrot 25-dniowy, czyli przyspieszony, to od lat wiele kontrowersji wywołuje kwestia, czy ustawodawcy chodziło jedynie o „zapłatę” faktur (literalnie), czy jednak ewentualnie potrącenie (kompensata) zobowiązań między podatnikiem, a jego kontrahentem, również pozwala na spełnienie wymagań, by uzyskać szybciej zwrot VAT.

Ponadto zapłata musi mieć miejsce zgodnie z ustawą o swobodzie działalności gospodarczej, tj. za pośrednictwem rachunku bankowego przedsiębiorcy w każdym przypadku, gdy:
– stroną transakcji, z której wynika płatność, jest inny przedsiębiorca oraz
– jednorazowa wartość transakcji, bez względu na liczbę wynikających z niej płatności, przekracza równowartość 15.000 euro.

Złożenie korekty deklaracji może przesunąć termin zwrotu, co uzasadnia się m.in. tym, iż organ podatkowy musi mieć czas na weryfikację także okoliczności skorygowania deklaracji. Różnicę podatku niezwróconą przez urząd skarbowy w terminach 60 dni i 180 dni od złożenia rozliczenia traktuje się jako nadpłatę podatku podlegającą oprocentowaniu w rozumieniu przepisów Ordynacji podatkowej. Oznacza to również, że w przypadku zadeklarowania zwrotu w terminie 25 dni nadpłata powstaje dopiero licząc od 61 dnia od dnia złożenia rozliczenia w urzędzie skarbowym, jednak podatnikom zamiast oprocentowania przysługuje droga sądowa (tj. przed sądem cywilnym), a zatem ewentualne odszkodowanie, obejmujące nawet utracone korzyści.

Na podstawie komentarza Zwrot VAT krok po kroku opublikowanego w Vademecum Doradcy Podatkowego