Podatnicy zobowiązani są do przechowywania ksiąg podatkowych przez 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w ktrym upłynął termin płatności podatku (art. 86 w związku z art. 70 ustawy z 29 sierpnia 2005 r. - Ordynacja podatkowa). Jest to zarazem okres przedawnienia zobowiązania podatkowego i jako taki może ulec wydłużeniu w następstwie przerwania lub zawieszenia jego biegu - w przypadku wystąpienia przewidzianych prawem okoliczności. Przykładowo, przerwanie biegu przedawnienia ma miejsce w przypadku zastosowania środka egzekucyjnego, o ktrym podatnik został powiadomiony. Wwczas 5-letni okres przedawnienia (a zatem rwnież okres przechowywania ksiąg podatkowych) biegnie od początku.
Do ksiąg podatkowych zalicza się: księgi rachunkowe, podatkowe księgi przychodów i rozchodów, ewidencje i rejestry, do których prowadzenia – do celów podatkowych – zobligowani są podatnicy, płatnicy i inkasenci.
Niezależnie od ksiąg podatkowych przez ten sam okres muszą być przechowywane dokumenty związane z prowadzeniem tych ksiąg (przykładowo: deklaracje, zeznania i informacje podatkowe, dowody wewnętrzne, etc.).
Tutaj należy dodać, że powyższego terminu nie należy mylić z terminem przechowywania ksiąg rachunkowych przewidzianym w przepisach ustawy z 29 września 1994 r. o rachunkowości.