Spółka jawna świadczy usługi medyczne, nie jest zarejestrowana jako czynny podatnik VAT, wszystkie usługi są zwolnione z VAT. Prowadzi poradnię lekarzy rodzinnych. W zakres świadczonych usług wchodzą szczepienia, które są wykonywane po konsultacji lekarskiej. Cena za szczepienie jest skalkulowana wraz z wizytą lekarską. Również w trakcie wizyt lekarskich są czasem podawane i wydawane leki.
Czy szczepienia te są usługą medyczną zwolnioną z VAT? Tak samo mogą być leki traktowane jako "materiały", całościowo, jako usługa medyczna? Czy spółka powinna rozdzielić tę sprzedaż na opodatkowaną VAT (szczepionki, leki) i usługi?
W przedmiotowej sytuacji mamy do czynienia ze świadczeniem usługi medycznej. Wartość wykorzystanej w ramach tej usługi szczepionki czy zaaplikowanych leków powinna zostać wliczona w podstawę opodatkowania usługi i zwolniona z VAT.
Teoretycznie, opodatkowanie usługi szczepienia wraz z wykorzystaniem szczepionki czy podanego leku mogłoby nastąpić według dwóch wariantów. Po pierwsze, można by uznać, iż w danej sytuacji mamy do czynienia z dwoma niezależnymi od siebie świadczeniami, tzn. z dostawą towaru w postaci szczepionki czy leku oraz ze świadczeniem usługi medycznej. Po drugie natomiast, można uznać, iż w danej sytuacji dochodzi wyłącznie do świadczenia usługi medycznej, która jest zwolniona z VAT, a wykorzystana szczepionka czy leki wliczone są już w cenę usługi.

W mojej ocenie przyjęcie pierwszego stanowiska zaprzeczałoby istocie zawartej pomiędzy pacjentem a jednostką medyczną niepisanej umowy o wykonanie szczepienia. Pacjent nie ma przecież zamiaru zakupić szczepionki, którą zaaplikuje sobie samodzielnie lecz jego celem jest zakup usługi medycznej, tzn. wykonanie szczepienia. Nie inaczej przedstawia się sytuacja z lekami zaaplikowanymi pacjentowi podczas wizyty lekarskiej czy nawet wydanymi do zaaplikowania w czasie późniejszym. Przedmiotem działalności spółki jest bowiem świadczenie usług medycznych, które na podstawie art. 43 ust. 1 w związku z poz. 9 załącznika nr 4 do ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 z późn. zm.) - dalej u.p.t.u., są zwolnione z podatku, a nie sprzedaż leków. Pacjenci korzystając z usług spółki mają zamiar nabyć usługę medyczną, a nie dokonać zakupu towaru (szczepionki czy leku).
Potwierdzeniem tego stanowiska jest wyrok ETS z dnia 29 marca 2007 r. w sprawie C-111/05 Aktiebolaget przeciwko Skatteverket, w którym ETS stwierdził, iż w przypadku gdy transakcja składa się z zespołu świadczeń i czynności, należy wziąć pod uwagę wszystkie okoliczności, w jakich jest ona dokonywana, w celu określenia, po pierwsze, czy chodzi o dwa lub więcej świadczenia odrębne, czy też o świadczenie jednolite, a po drugie, czy w tym ostatnim przypadku owo jednolite świadczenie powinno zostać zakwalifikowane jako dostawa towarów, czy jako świadczenie usług. Każda transakcja złożona z jednego świadczenia w aspekcie gospodarczym nie powinna być sztucznie rozdzielana, by nie pogarszać funkcjonalności systemu podatku VAT. Jedno świadczenie występuje w przypadku, gdy co najmniej dwa elementy, albo co najmniej dwie czynności dokonane przez podatnika na rzecz klienta są ze sobą tak ściśle związane, że tworzą obiektywnie tylko jedno nierozerwalne świadczenie gospodarcze, którego rozdzielenie miałoby charakter sztuczny.

Podobnie, w analogicznej sprawie wypowiedział się naczelnik urzędu skarbowego w Mysłowicach w piśmie z dnia 21 czerwca 2004 r., PP-3/443/7/04, w którym na pytanie "czy wykonanie szczepienia ochronnego przeciw grypie dla pacjenta szczepionką zakupioną przez NZOZ, które obejmuje zużyty materiał czyli szczepionkę, igłę, strzykawkę oraz koszt usługi jako całość mieści się w pojęciu świadczenie usług zdrowotnych (PKWiU 85 - usługi w zakresie ochrony zdrowia i opieki społecznej) i podlega zwolnieniu z podatku VAT, naczelnik odpowiedział: "w przypadku, gdy przedmiot usługi świadczonej przez Spółkę obejmować będzie zarówno wartość usługi (szczepienie ochronne), jak również wykorzystany materiał (szczepionka, igła, strzykawka, itp.), usługa taka w całości korzystać będzie ze zwolnienia od podatku od towarów i usług, na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 1 u.p.t.u."
Podsumowując, w przedmiotowej sytuacji spółka świadczy na rzecz pacjentów usługi medyczne w podstawę których wliczana być powinna wartość wykorzystanych szczepionek czy leków, a całość świadczenia należy objąć zwolnieniem z VAT.