Odpowiedź:
1.    Skoro dochodzi do sprzedaży wszystkich akcji spółki, to moim zdaniem będzie miał tutaj zastosowanie art. 12 ust. 4 pkt 3a lit b u.p.d.o.p. (spółka z o.o. sprzedając 100% akcji występuje ze spółki komandytowo–akcyjnej i wspólnik definitywnie traci źródło przychodów).
2.    Moim zdaniem skoro objęli Państwo akcje o określonej wartości nominalnej to  kosztem wydatku na nabycie w przedstawionej sytuacji będzie wartość nominalna objętych udziałów.
Uzasadnienie:
Zgodnie z art. 12 ust. 4 pkt 3a ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych  (tekst jedn.: Dz. U. z 2014 r. poz. 851 z późń. zm.) – dalej u.p.d.o.p. do przychodów nie zalicza się środków pieniężnych otrzymanych przez wspólnika spółki niebędącej osobą prawną z tytułu:
a)  likwidacji takiej spółki,
b)  wystąpienia z takiej spółki, w części odpowiadającej wydatkom na nabycie lub objęcie prawa do udziałów w takiej spółce i uzyskanej przed wystąpieniem przez wspólnika nadwyżce przychodów nad kosztami ich uzyskania, o których mowa w art. 5, pomniejszonej o wypłaty dokonane z tytułu udziału w takiej spółce;
W myśl natomiast art. 12 ust. 4 pkt 3 u.p.d.o.p. do przychodów nie zalicza się zwróconych udziałów lub wkładów w spółdzielni, umorzenia udziałów (akcji) w spółce, w tym kwot otrzymanych z odpłatnego zbycia udziałów (akcji) na rzecz spółki w celu umorzenia tych udziałów (akcji) .
W obydwu wskazanych powyżej przypadkach koszty uzyskania przychodów ustala się identycznie (interpretacja z dnia 15.07.2013 r. nr  IPPB3/423-258/13-2/DP )
Z opisanego stanu faktycznego wynika, że dochodzi do sprzedaży wszystkich posiadanych przez spółkę z o.o. akcji spółki komandytowo-akcyjnej. Zapłata za akcje nastąpi poprzez kompensatę wzajemnych wierzytelności ceny za akcje i długów spółki z o.o. wobec spółki komandytowo-akcyjnej.
Skoro dochodzi do sprzedaży wszystkich akcji spółki to moim zdaniem będzie miał tutaj zastosowanie art. 12 ust. 4 pkt 3a lit b u.p.d.o.p. (spółka z o.o. sprzedając 100% akcji występuje ze spółki komandytowo–akcyjnej i wspólnik definitywnie traci źródło przychodów).
Jak wyjaśnia Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji z dnia 15 lipca 2013 r. IPPB3/423-258/13-2/DP w przypadku odpłatnego zbycia (całości lub części) akcji SKA na rzecz osób trzecich, Wnioskodawca będzie uprawniony do rozpoznania kosztów uzyskania przychodu w wysokości historycznej, tj. odpowiadającej sumie wartości nominalnej udziałów Wnioskodawcy wydanych w zamian za aport udziałów Spółki Nabywanej. 
Odnośnie wyceny wartości wkładu przy sprzedaży akcji to istotne stanowisko w tej kwestii zajął Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 2 kwietnia 2014 r., II FSK 2673/13, który uznał, że w przypadku akcji objętych w zamian za aport, koszty uzyskania przychodów ustala się w wysokości nominalnej wartości objętych akcji w spółce komandytowo-akcyjnej z dnia ich objęcia. Wyrok NSA eliminuje moim zdaniem rozbieżności interpretacyjne jakie pojawiały się także w wyrokach WSA.
Podstawą prawną takiego wnioskowania na gruncie u.p.d.o.p. będzie art. 15 ust. 1k pkt 2 u.p.d.o.p., który został zmieniony z dniem 1 stycznia 2014 r. w celu dostosowania go dla wspólników spółek komanydytowo-akcyjnych.
Orzeczenie NSA jest istotne dla akcjonariuszy spółki komandytowo-akcyjnej, którzy nabyli akcje w drodze aportu przed 1 stycznia 2014 r.
Jak jednak wynika z treści uzasadnienia do projektu ustawy zmiany art. 15 ust. 1k, jakie nastąpiły z dniem 1 stycznia 2014 r. mają charakter dostosowawczy polegający na rozszerzeniu zakresu podmiotowego przepisu na wszystkie spółki będące podatnikami podatku dochodowego, w tym SK i SKA. Zmiany zawierają odniesienie do nowej kategorii przychodu określonego w art. 12 ust. 1 pkt 7a.
Z kolei zmiana art. 12 ust. 1 pkt 7a u.p.d.o.p. obejmuje dodanie jednostki redakcyjnej określającej wartość przychodu osiąganego przez wspólnika przy wnoszeniu wkładu niepieniężnego (w innej postaci niż przedsiębiorstwo lub jego zorganizowana część) do spółek niemających osobowości prawnej będących podatnikami podatku dochodowego w przypadkach nieobjętych pkt 7, tj. gdy z wniesieniem wkładu niepieniężnego nie jest związane obejmowanie udziałów lub akcji o określonej wartości nominalnej. Przepis przewiduje, iż w takim przypadku kwota przychodu będzie odpowiadać wartości wkładu niepieniężnego wskazanej w umowie spółki; wartość ta powinna podlegać weryfikacji do wartości rynkowej - stąd odesłanie do art. 14 ust. 1–3 u.p.d.o.p.
W świetle powyższego moim zdaniem skoro objęli Państwo akcje o określonej wartości nominalnej, to kosztem wydatku na nabycie w przedstawionej sytuacji będzie wartość nominalna objętych udziałów.
Artur Kowalski, autor współpracuje z publikacją Vademecum Doradcy Podatkowego
Odpowiedzi udzielono 24 listopada 2014 r.