Urząd skarbowy przeprowadził u podatnika w kwietniu 2010 r. kontrolę w zakresie badania ewidencji VAT za listopad 2009 r. W toku kontroli stwierdził, iż podatnik niesłusznie obniżył podatek należny z faktury od podmiotu, który nie był uprawniony do wystawiania faktur. Podmiot wystawiający fakturę był do 1 września 2010 r. zarejestrowanym podatnikiem VAT a z tym dniem został przez urząd skarbowy wykreślony z rejestru czynnych podatników na podstawie art. 96 ust. 9 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 z późn. zm.). Urząd skarbowy stwierdził, że podmiot ten co prawda wystawił fakturę za świadczone usługi, ale podatnik naruszył przepisy art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a) i nie miał prawa do odliczenia podatku z wystawionej faktury. W związku z tym urząd stwierdził, że naruszono przepis art. 109 ust. 3. Podmiot wystawiający fakturę nie rozliczał się z podatków, nie składał deklaracji i nie reagował na wezwania. Ale dopiero we wrześniu br. został wykreślony z rejestru, a na podatnika, który rozliczył fakturę nałożono sankcję pomimo stwierdzenia, iż usługi objęte wystawioną fakturą zostały wykonane.
Czy organ skarbowy prawidłowo zinterpretował przepisy o VAT?
Pogląd organu podatkowego – dążącego do uznania, że kontrahent był podmiotem nieistniejącym – nie jest do końca prawidłowy.
Przepis art. 109 ust. 3a ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 z późn. zm.) - dalej u.p.t.u., stanowi, iż nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku gdy sprzedaż została udokumentowana fakturami lub fakturami korygującymi:
a) wystawionymi przez podmiot nieistniejący lub nieuprawniony do wystawiania faktur lub faktur korygujących,
b) w których kwota podatku wykazana na oryginale faktury lub faktury korygującej jest różna od kwoty wykazanej na kopii.
Kwestionowana faktura została otrzymana (a więc pewnie i wystawiona przez kontrahenta) w listopadzie 2009 r. W listopadzie 2009 r. kontrahent był podmiotem zarejestrowanym w rejestrze VAT. Nie był z tego rejestru wykreślony. Przepis art. 96 ust. 8 u.p.t.u. stanowi, że w przypadku gdy zaprzestanie wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu nie zostało przez podatnika zgłoszone (nie złożył on VAT-Z) naczelnik urzędu skarbowego wykreśla z urzędu podatnika z rejestru jako podatnika VAT.

W momencie wystawienia kwestionowanej faktury podatnik (będący wystawcą fakturą) nie był wykreślony z rejestru.
Przepis § 4 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 212, poz. 1337 z późn. zm.) stanowi, iż zarejestrowani podatnicy jako podatnicy VAT czynni, posiadający numer identyfikacji podatkowej, wystawiają faktury oznaczone wyrazami "FAKTURA VAT".

Jak już wskazywano – w momencie wystawiania kwestionowanej faktury (listopad 2009 r.) nie można twierdzić, że wystawca faktury był podmiotem nieuprawnionym do wystawiania faktury. Na ten moment znajdował się w rejestrze VAT, nie był z niego wykreślony.
Z opisu sytuacji przedstawionego w pytaniu wynika natomiast, że organ raczej dąży do uznania, że kontrahent na dzień wystawienia faktury w istocie był podmiotem nieistniejącym. Organ twierdzi bowiem, że kontrahent nie rozliczał się z podatków, nie składał deklaracji, nie reagował na wezwania. To daje pewną podstawę do stwierdzenia, że ten podatnik w istocie nie istniał (a przynajmniej nie jako podatnik). Formalnie rzecz biorąc mogą być zatem podstawy do zastosowania art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a u.p.t.u. poprzez uznanie, że faktury zostały wystawione przez podmiot nieistniejący (a nie przez podmiot nieuprawniony do wystawiania faktur).

W orzecznictwie sądowym dominuje obecnie stanowisko, że podatnik wtedy nie będzie mógł odliczyć podatku z faktury wystawionej przez podmiot nieuprawniony do tego, bądź podmiot nieistniejący, jeśli przynajmniej mógł przewidywać taki stan rzeczy. Jeśli z okoliczności nie wynika, że nie można było podejrzewać, że faktura jest nieprawidłowa, to podatnik zachowuje prawo do odliczenia z niej podatku naliczonego.
Tak przykładowo WSA w Rzeszowie w wyroku z dnia 22 grudnia 2009 r., I SA/Rz 805/09: "Dla zastosowania przepisu art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a u.p.t.u. koniecznym jest, obok ustalenia, że faktura pochodzi od podmiotu nieuprawnionego do jej wystawienia, stwierdzenie, że z ogółu obiektywnych okoliczności wynika, że podatnik nabywając towar od podmiotu nieuprawnionego do wystawienia faktury, przynajmniej mógł przewidywać, że transakcja stanowi nadużycie (oszustwo)".