Przekazaliśmy naszemu dostawcy zaliczkę na realizację zlecenia. Obecnie okazało się, że zlecenie nie będzie realizowane, wystąpiliśmy więc z pismem o anulowanie zlecenia, zwrot zaliczki i wystawienie faktury korygującej. Fakturę korygującą otrzymaliśmy w listopadzie, natomiast do obecnej chwili nie otrzymaliśmy zwrotu zaliczki. Obawiamy się, że nasz dostawca jest w złej kondycji finansowej i zwrot tej zaliczki jest zagrożony. W listopadzie zmniejszyliśmy VAT do odliczenia o kwotę wynikającą z faktury korygującej.
Jak należało postąpić w tym przypadku?

Postąpiliście Państwo zgodnie z przepisami podatkowymi.
Skoro faktura korygująca została już wystawiona, zaś Wy ją przyjęliście, mieliście obowiązek ujęcia jej w deklaracji podatkowej za miesiąc jej otrzymania. Fakt, że nie otrzymaliście zwrotu zapłaconej zaliczki nie ma znaczenia dla aspektu podatkowego całej tej sytuacji.
Postąpiliście Państwo zgodnie z przepisami podatkowymi.
Przepis art. 86 ust. 10a ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535, z późn. zm.) - dalej u.p.t.u., stanowi, że w przypadku gdy nabywca towaru lub usługi otrzymał korektę faktury, jest on obowiązany do zmniejszenia kwoty podatku naliczonego w rozliczeniu za okres, w którym tę korektę faktury otrzymał. Jeżeli podatnik nie obniżył kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego określonego w fakturze, której korekta dotyczy, a prawo do takiego obniżenia mu przysługuje, zmniejszenie kwoty podatku naliczonego uwzględnia się w rozliczeniu za okres, w którym podatnik dokonuje tego obniżenia.
Skoro zatem otrzymaliście Państwo korektę faktury, to powinniście zmniejszyć podatek naliczony w deklaracji za miesiąc otrzymania zaliczki. Biorąc więc pod uwagę, że otrzymaliście korektę faktury w listopadzie, to w deklaracji za listopad powinniście ująć tę korektę - zmniejszyć podatek naliczony.

Można się ewentualnie zastanawiać, czy kontrahent prawidłowo wystawił fakturę korygującą skoro nie zwrócić jeszcze dotychczas zaliczki.
Z przepisów rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 212, poz. 1337), wynika, że faktury korygujące in minus są wystawiane w przypadku udzielenia rabatów, w przypadku zwrotu sprzedawcy towarów oraz zwrotu nabywcy kwot nienależnych, oraz przy zwrocie nabywcy zaliczek, przedpłat, zadatków lub rat, podlegających opodatkowaniu.
Można zatem twierdzić, że Wasz kontrahent powinien wystawić fakturę korygującą dopiero w związku ze zwrotem zaliczki.
Teraz jednak - skoro faktura korygująca została już wystawiona, zaś Wy ją przyjęliście, mieliście obowiązek ujęcia jej w deklaracji podatkowej za miesiąc jej otrzymania. Fakt, że nie otrzymaliście zwrotu zapłaconej zaliczki nie ma znaczenia dla aspektu podatkowego całej tej sytuacji.