W pierwszej kolejności należy sprawdzić kompletność i poprawność dokumentacji inwentaryzacyjnej. Na dokumentację tę składają się m.in.: oświadczenia osób materialnie odpowiedzialnych złożone przed spisem inwentaryzacyjnym i po jego zakończeniu,; prawidłowo wypełnione arkusze spisowe wraz z dokumentacją uzupełniającą; protokół dotyczący składników niepełnowartościowych; a także sprawozdanie komisji spisowej.
Uwaga! Wszelkie braki i błędy w dokumentacji wyjaśniamy przed komisją inwentaryzacyjną
W drugim etapie należy wycenić arkusze spisowe. Dokonują tego zazwyczaj pracownicy księgowości.  Proces wyceny przebiega dwutorowo. Najpierw przeprowadza się wycenę bieżącą z zastosowaniem cen ewidencyjnych. W przypadku inwentaryzacji przeprowadzanej na koniec roku obrotowego dokonuje się również wyceny bilansowej,
Wycena bieżąca polega na wpisaniu w arkuszach spisowych lub oddzielnych arkuszach rozliczeniowych ceny ewidencyjnej każdego spisanego ilościowo składnika, następnie na pomnożeniu ustalonej ilości i ceny ewidencyjnej.
Wycena bilansowa to doprowadzenie spisanych składników do ich stanu wynikającego z ksiąg rachunkowych do ostrożnie oszacowanej wartości odpowiadającej korzyściom ekonomicznym, które jednostka spodziewa się uzyskać dzięki ich wykorzystaniu.
Zasady przeprowadzania wyceny bilansowej każdego składnika aktywów i pasywów określone są w prawie bilansowym. W odniesieniu do rzeczowych składników aktywów wycena ta polega głównie na przeszacowaniu ich wartości z powodu niższej niż rynkowa wartości bądź nieprzydatności gospodarczej.
Po wycenie arkuszów spisowych należy porównać dane z arkuszy spisowych z danymi wynikającymi z ksiąg rachunkowych. Jeśli inwentaryzacja ujawni, że stan danego składnika majątku jest wyższy, niż to wynika z danych księgowych, mówi się o nadwyżce inwentaryzacyjnej, w przeciwnym razie – o niedoborze inwentaryzacyjnym. W przypadku utraty pierwotnej wartości użytkowej danego składnika aktywów (np. z powodu niewłaściwego składowania) mamy do czynienia ze szkodami.
Uwaga! Stwierdzone różnice wymagają zbadania i wyjaśnienia przez komisję inwentaryzacyjną. W pierwszym etapie komisja inwentaryzacyjna dokonuje klasyfikacji różnic, co jest pomocne w późniejszym księgowym rozliczeniu wyników inwentaryzacji. Różnice pozorne powstają w wyniku błędów popełnionych w bieżącej ewidencji składników majątkowych bądź w trakcie inwentaryzacji (np. błędy w dokumentacji, błędy w pomiarze). Eliminuje się je w pierwszej kolejności przy udziale osób materialnie odpowiedzialnych. Różnice rzeczywiste, które pozostają po odrzuceniu różnic pozornych, wymagają dalszej pogłębionej analizy.
Różnice rzeczywiste mogą być istotne lub nieistotne. Kryteria klasyfikacji tych różnic powinna określać instrukcja inwentaryzacyjna. Z reguły za nieistotne uznaje się takie różnice, których wyjaśnienie jest niemożliwe albo wiązałoby się z dużym, niewspółmiernym do efektu nakładem pracy bądź kosztów.