W produkcji ekologicznej nie wolno wykorzystywać GMO. Zgodnie z rozporządzeniem unijnym z 2007 r. w sprawie produkcji ekologicznej i znakowania produktów ekologicznych niedozwolone jest też stosowanie produktów wytworzonych z GMO lub przy ich użyciu. Produkcja ekologiczna oznacza nie tylko żywność dla ludzi, ale także m.in. pasze, środki ochrony roślin, czy nawozy.

Od 1 lipca 2010 r. na produktach ekologicznych, które zostały wyprodukowane przez unijnych producentów żywności i przeszły odpowiednią kontrolę, znajduje się specjalne logo. Jego umieszczenie jest obowiązkowe na wszystkich produktach paczkowanych tego typu. Jak wygląda takie logo można zobaczyć na stronie ekoszyk.mos.gov.pl.