Odpowiedź: jeśli podatnik rozpoczynając prowadzenie działalności gospodarczej wybrał zwolnienie podmiotowe, a pomimo zwolnienia wystawiał faktury, w której wykazał kwotę podatku, jest obowiązany do jego zapłaty pomimo, iż nie wystąpił obrót podlegający opodatkowaniu. Kwoty takiego podatku nie wykazuje się w deklaracji VAT-7, a więc nie pomniejsza się jej również o kwoty podatku naliczonego.

Uzasadnienie: nabywcom towarów i usług nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego w fakturach wystawionych przez podatnika zwolnionego podmiotowo.
Jeśli jednak podatnik nie wybrał zwolnienia, wówczas dokonywane przez niego czynności od początku podlegają opodatkowaniu, niezależnie od tego, czy złożył zgłoszenie rejestracyjne.
W takim przypadku podatnik powinien niezwłocznie dokonać zgłoszenia rejestracyjnego, oraz złożyć deklaracje VAT-7 za okresy od rozpoczęcia działalności gospodarczej, rozliczając w nich zarówno podatek należny (w tym również ze sprzedaży bezrachunkowej), jak i naliczony.
Niezłożenie zgłoszenia rejestracyjnego przez sprzedawcę nie wyłącza prawa do odliczenia u nabywców.
Obowiązkiem podatników jest, zgodnie z art. 96 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług - dalej u.p.t.u., złożenie przed dniem wykonania pierwszej czynności określonej w art. 5 u.p.t.u. naczelnikowi urzędu skarbowego zgłoszenie rejestracyjne, z tym zastrzeżeniem, o którym mowa w art. 96 ust. 3 u.p.t.u., że podatnicy zwolnieni od podatku na podstawie art. 113 ust. 1 i 9 u.p.t.u. lub wykonujący wyłącznie czynności zwolnione od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 lub przepisów wydanych na podstawie art. 82 ust. 3 u.p.t.u., mogą złożyć zgłoszenie rejestracyjne.
Stosownie do art. 113 ust. 9 u.p.t.u. podatnik rozpoczynający w trakcie roku podatkowego wykonywanie czynności określonych w art. 5 u.p.t.u. jest zwolniony od podatku, jeżeli przewidywana przez niego wartość sprzedaży nie przekroczy, w proporcji do okresu prowadzonej działalności gospodarczej w roku podatkowym, kwoty 150.000 zł.
Do wartości sprzedaży nie wlicza się kwoty podatku.
Jeżeli podatnik wybrał zwolnienie, wówczas nie miał obowiązku złożenia zgłoszenia rejestracyjnego, a na mocy art. 113 ust. 10 u.p.t.u. czynności wykonywane przez niego podlegają zwolnieniu od podatku do momentu, gdy faktyczna wartość sprzedaży, w proporcji do okresu prowadzonej działalności gospodarczej, przekroczy w trakcie roku podatkowego kwotę 150.000 zł.
Jeśli pomimo zwolnienia podatnik wystawiał faktury, w których wykazywał kwotę podatku, jest obowiązany do jego zapłaty na podstawie art. 108 ust. 1 u.p.t.u. Jednakże obowiązek zapłaty podatku, o którym mowa w art. 108 ust. 1 u.p.t.u., oznacza, że podatnik obowiązany jest do zapłaty podatku, pomimo iż nie wystąpił obrót podlegający opodatkowaniu. Co za tym idzie kwoty takiego podatku nie wykazuje się w deklaracji VAT-7, a więc nie pomniejsza się jej również o kwoty podatku naliczonego.
Nabywcom towarów i usług nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego w fakturach wystawionych przez podatnika zwolnionego podmiotowo, gdyż na podstawie art. 88 ust. 3a pkt 2 u.p.t.u. nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury w przypadku, gdy transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku.
Jeśli jednak podatnik nie wybrał zwolnienia, wówczas dokonywane przez niego czynności od początku podlegają opodatkowaniu, niezależnie od tego, czy złożył zgłoszenie rejestracyjne.
W takim przypadku podatnik winien niezwłocznie dokonać zgłoszenia rejestracyjnego, złożyć deklaracje VAT-7 za okresy od rozpoczęcia działalności gospodarczej, rozliczając w nich zarówno podatek należny (w tym również ze sprzedaży bezrachunkowej), jak i naliczony.
Przepis art. 88 ust. 4 u.p.t.u. wyłączający prawo do odliczenia podatku naliczonego dotyczy bowiem podatników, którzy nie są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni, zgodnie z art. 96 u.p.t.u. Z chwilą dokonania rejestracji podatnik może więc dokonać odliczenia również za okresy poprzedzające złożenie zgłoszenia rejestracyjnego.

Niezłożenie zgłoszenia rejestracyjnego przez sprzedawcę niekorzystającego ze zwolnienia nie wyłącza przy tym prawa do odliczenia u nabywców.