Sprawa, którą zajmował się Naczelny Sąd Administracyjny, dotyczyła firmy planującej świadczenie usług opieki nad osobami starszymi i niepełnosprawnymi w kraju i za granicą. Spółka planowała świadczenie usług przy pomocy swoich pracowników, którzy mieli zostać zatrudnieni na podstawie umowy o pracę. Z uwagi na charakter usług, jako miejsce pracy pracownika w umowie o pracę, zastałby wskazany obszar województwa, w którym dany pracownik miał miejsce swojego zamieszkania. Spółka nabrała wątpliwości co do prawidłowości postępowania w zakresie zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów: diet oraz zwróconych pracownikowi kosztów podróży i noclegu z tytułu podróży służbowych. Ponadto potrzebowała potwierdzenia, iż kwoty, które zamierza wypłacać pracownikom z tytułu podróży służbowych będą wolne od podatku dochodowego. W związku z tym wystąpiła o interpretację indywidualną przepisów prawa podatkowego do Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach.

Dyrektor Izby Skarbowej w wydanej decyzji stwierdził, iż wypłacone pracownikom diety oraz inne koszty podróży i noclegu poniesione w ramach wyjazdu służbowego poza granice województwa korzystają ze zwolnienia z opodatkowania. Jednakże w swojej obszernej opinii zastrzegł, iż zarówno pojęcie "podróż służbowa" jak i regulacje dotyczące wysokości i warunków ustalania należności przysługujących pracownikom za czas podróży służbowej należą do przepisów z zakresu praca pracy. W konsekwencji uznał, iż rozstrzygnięcie kwestii dotyczącej obowiązku czy zasad wypłacania diet i innych należności za czas podróży służbowej, nie leży w kompetencji organu podatkowego. A więc kompleksowa interpretacja uwzględniająca przepisy prawa podatkowego oraz przepisy prawa pracy w tej sprawie nie może zostać wydana.

W odpowiedzi spółka wezwała Dyrektora Izby Skarbowej do usunięcia naruszenia prawa, polegającego na niepoddaniu analizie wszystkich regulacji prawnych mających wpływ na zakres opodatkowania. Izba Skarbowa zdania nie zmieniła, tak więc w konsekwencji sprawa, po wyczerpaniu drogi odwoławczej, została poddana pod rozstrzygnięcie Naczelnego Sądu Administracyjnego.

Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 27 listopada 2013 r. (sygn. akt II FSK 27/12) stwierdził, że jeżeli do wydania indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego konieczna jest interpretacja przepisów prawa pracy – decyzja organu podatkowego powinna uwzględniać i obejmować również przepisy prawa pracy. Rok wcześniej NSA zajął podobne stanowisko w sprawie interpretacji norm podatkowych, które odwołują się do przepisów o rachunkowości (sygn. akt II FSK 1193/11).