Pozwolenie zintegrowane wydawane jest na wniosek podmiotu prowadzącego instalację, której funkcjonowanie, ze względu na rodzaj i skalę prowadzonej w niej działalności, może powodować znaczne zanieczyszczenie poszczególnych elementów przyrodniczych albo środowiska jako całości. Jednocześnie przepisy ustawy, jako warunek rozpatrzenia wniosku, przewidują wniesienie opłaty rejestracyjnej, przy czym wymóg dołączenia do wniosku dowodu wpłaty opłaty rejestracyjnej oznacza, że powinna być ona wniesiona przed złożeniem wniosku o wydanie pozwolenia zintegrowanego. Opłata ta nie może przekroczyć równowartości 3 000 euro. Na tle tych przepisów powstaje istotna wątpliwość, czy w świetle przepisów ustawy o opłacie skarbowej uiszczenie opłaty rejestracyjnej wyłącza obowiązek zapłaty opłaty skarbowej od pozwolenia, czy też stanowiąc opłatę od wniosku nie wyłącza opłaty skarbowej od pozwolenia. Biorąc pod uwagę fakt potencjalnych obciążeń publicznoprawnych, które mogą powstać w związku z ubieganiem się o wydanie pozwolenia zintegrowanego, rozstrzygnięcie tej kwestii ma pierwszorzędne znaczenie. Z treści przepisów dotyczących wydawania pozwoleń zintegrowanych wysnuć można wniosek, że opłata rejestracyjna, jako ponoszona za rozpatrzenie wniosku o wydanie pozwolenia zintegrowanego, jest de facto opłatą za pozwolenie, nie zaś opłatą od wniosku o jego wydanie. Argumentem przemawiającym za uznaniem opłaty rejestracyjnej jako opłaty publicznoprawnej od pozwolenia zintegrowanego jest przepis ustawy – Prawo ochrony środowiska, zgodnie z którym opłatę rejestracyjną wnosi się również w przypadku zmiany pozwolenia zintegrowanego w związku z dokonaniem istotnych zmian w instalacji objętej tym pozwoleniem. Opłata ta wynosi 50% opłaty rejestracyjnej, która byłaby wymagana w przypadku wniosku o wydanie pozwolenia zintegrowanego dla tej instalacji. Przepis ten kładzie bowiem akcent na związek między opłatą rejestracyjną a zmianą pozwolenia zintegrowanego i zakłada analogiczne rozwiązanie jak to przyjęte w ustawie o opłacie skarbowej. w zakresie opłaty skarbowej od zmiany pozwoleń. Opublikowane na stronie internetowej Ministerstwa Finansów „Stanowisko wspólne Ministerstwa Finansów i Ministerstwa Środowiska z dnia 12 lipca 2007 r. dotyczące stosowania przepisów ustawy z dnia 16 listopada 2006 r. o opłacie skarbowej i rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 21 grudnia 2006 r. w sprawie dokumentowania zapłaty opłaty skarbowej oraz trybu jej zwrotu przy załatwianiu indywidualnych spraw na podstawie przepisów z zakresu ochrony środowiska” przesądziło tę kwestię odmiennie, uznając, że opłata rejestracyjna nie stanowi opłaty za wydanie pozwolenia zintegrowanego, a zatem należy je objąć opłatą skarbową.