Zmianie ulegną załączniki do rozporządzenia, w których określono typy siedlisk przyrodniczych (załącznik 1), gatunki zwierząt (załącznik 2) oraz gatunki roślin (załącznik 3), będących przedmiotem zainteresowania Wspólnoty, ze wskazaniem tych, które wymagają ochrony w formie wyznaczenia obszarów Natura 2000 oraz gatunków o znaczeniu priorytetowym.

Przystąpienie Republiki Chorwacji do Unii Europejskiej spowodowało rozszerzenie listy siedlisk przyrodniczych oraz gatunków zwierząt i roślin określonych w dyrektywach: siedliskowej i ptasiej, co wiąże się z koniecznością uzupełnienia krajowych regulacji o kilkanaście typów siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt.

Rozszerzenie list nie spowoduje konieczności ustanowienia nowych obszarów Natura 2000 w Polsce ze względu na fakt, że dodane do list siedliska i gatunki nie obejmują swym naturalnym zasięgiem występowania terytorium naszego kraju.

Nowelizacja rozporządzenia koryguje dodatkowo nazwy naukowe części wymienionych gatunków roślin z załącznika nr 3 oraz weryfikuje obowiązujące kody gatunków zwierząt z załącznika nr 2.