Rozporządzenie określa gatunki zwierząt objęte ochroną ścisłą, z wyszczególnieniem gatunków wymagających ochrony czynnej, gatunki zwierząt objęte ochroną częściową oraz objęte ochroną częściową, które mogą być pozyskiwane, oraz sposoby ich pozyskiwania, a także gatunki zwierząt wymagające ustalenia stref ochrony ostoi, miejsc rozrodu lub regularnego przebywania. W rozporządzeniu określono również właściwe dla poszczególnych gatunków lub grup gatunków zwierząt zakazy i odstępstwa od zakazów oraz sposoby ochrony gatunków, w tym wielkość stref ochrony.
Nowe rozporządzenie zastąpiło rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 12 października 2011 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt (Dz. U. Nr 237, poz. 1419), które utraciło moc z dniem 2 października 2014 r. zgodnie z art. 7 ustawy z dnia 13 lipca 2012 r. o zmianie ustawy o ochronie przyrody oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. poz. 985).
Wydanie nowego rozporządzenia wynika z konieczności dostosowania przepisów wykonawczych do przepisów ustawy o ochronie przyrody, w związku ze zmianami wprowadzonymi wspomnianą powyżej ustawą z dnia 13 lipca 2012 r. o zmianie ustawy o ochronie przyrody i niektórych innych ustaw (Dz. U. poz. 985). Konieczność wydania nowego rozporządzenia wynikała również z potrzeby aktualizacji list gatunków zwierząt objętych ochroną oraz dostosowania obowiązujących zakazów do potrzeb ich ochrony. W ciągu ostatnich kilku lat stan rozpoznania występowania, stan populacji oraz stan ochrony wielu gatunków zwierząt w Polsce uległy zmianie, a wiedza o gatunkach i ich sposobach ochrony znacznie się poszerzyła.