Unijne środki pomocowe dawały szansę na powstrzymanie degradacji infrastruktury kolejowej, jednak z powodu opóźnień nie dało się tej szansy do końca wykorzystać. Najczęstsze przyczyny opóźnień to błędy w dokumentacji przedprojektowej, projektowej i powykonawczej, konieczność wykonywania robót dodatkowych, których nie przewidziano na etapie zlecania prac oraz niewłaściwa koordynacja prac przez komórki PLK. Z kontroli NIK wynika, że problemy pojawiły się już na etapie przygotowania strategicznych dokumentów dotyczących budowy infrastruktury kolejowej. Rada Ministrów przyjęła Master Plan dla transportu kolejowego w Polsce do 2030 r. po roku od decyzji Komisji Europejskiej w sprawie POIiŚ, a dopiero po czterech latach Wieloletni program inwestycji kolejowych do roku 2013 z perspektywą do roku 2015 (WPIK).

Zgodnie z wieloletnim programem łączna kwota na inwestycje kolejowe ma wynieść 19,2 mld zł, w tym 13,7 mld zł w ramach POIiŚ i 1,5 mld zł z regionalnych programów operacyjnych. Zdaniem NIK zarządca infrastruktury kolejowej, czyli PKP Polskie Linie Kolejowe SA (PLK), nie jest jednak wystarczająco przygotowany organizacyjnie i kadrowo do terminowej realizacji inwestycji. NIK podkreśla, że w przypadku braku pełnego zabezpieczenia wkładu krajowego istnieje ryzyko niezrealizowania projektów określonych w WPIK. W konsekwencji Polska może utracić część środków pomocowych UE, a rozpoczęte inwestycje będzie musiała dokończyć, finansując je z własnych pieniędzy.