Do dyskusji o Puszczy Białowieskiej, a także współpracy przy odtwarzaniu cennych gatunków na terenie UE prof. Jan Szyszko zaprosił także organizacje ekologiczne.
Zgodnie z „Programem dla Puszczy Białowieskiej jako dziedzictwa kulturowo-przyrodniczego UNESCO oraz obszaru sieci Natura 2000” do tej pory dokonano pełnego przeglądu aktów prawno-gospodarczych i doniesień prasowych dotyczących Puszczy. Zakończono także proces inwentaryzacji stanu środowiska przyrodniczego na terenie całej Puszczy – to największe tego typu badanie w historii.
Aby ochronić Puszczę przed rosnącą gradacją kornika drukarza, rozpoczęto proces naprawczy dla 2/3 powierzchni lasów gospodarczych. Działanie to pozwoli odtworzyć siedliska i gatunki priorytetowe dla programu Natura 2000. 1/3 lasów będzie pozostawiona bez ingerencji człowieka – na tym terenie procesy przyrodnicze będą następować spontanicznie. Obie części Puszczy będą nieustannie monitorowane, tak aby bez wątpliwości wykazać, czy człowiek jest dla siedlisk naturalnych sprzymierzeńcem, czy – jak chcą udowodnić niektóre organizacje ekologiczne – wyłącznie wrogiem.
Ministerstwo Środowiska podkreśla, że pracom przyglądał się Komitet Światowego Dziedzictwa (UNESCO). Po rozmowach polskiej delegacji z Ministerstwa Środowiska z przedstawicielami Międzynarodowej Unii Ochrony Przyrody (IUCN) UNESCO uznało, że nie ma obecnie podstaw do zajmowania się sprawą Puszczy Białowieskiej. Stanowisko Polski zostało poparte przez większość państw członków Komitetu.