W przypadku beneficjentów pieniędzy unijnych z kontrolą mogą się liczyć przedsiębiorstwa, które skorzystały z Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka i Regionalnych Programów Operacyjnych na lata 2007-2013., weryfikowane bowiem będą wyłącznie zakończone projekty. W puli badanych firm mają być także te, które skorzystały ze wsparcia krajowego.NIK spotkał się z ekspertami, którzy mieli pomóc w przygotowaniu badania.

 
- Jak podkreślali urzędnicy głównym celem kontroli nie jest wykrywanie nieprawidłowości w pojedynczych firmach czy projektach, ale weryfikacja skuteczności i efektywności systemu wspierania innowacyjności i badań oraz rozwoju w Polsce - mówi Małgorzata Lelińska, ekspertka Konfederacji Lewiatan.
Firmom, które uczciwie realizowały projekty nic nie grozi. Eksperci postulowali zgodnie, żeby na podstawie ewentualnie wykrytych, pojedynczych nieprawidłowości nie formułować wniosków ogólnych i rekomendacji dla usztywnienia systemu, jeszcze większego sformalizowania procesu udzielania i rozliczania wsparcia oraz zwiększania restrykcji wobec projektodawców. Projekty powinny realizować cele polityki rozwoju innowacyjności, a nie sztywno trzymać się bardzo szczegółowych regulaminów, bo to z zasady kłóci się z innowacyjnym charakterem tych przedsięwzięć.
Zdaniem Konfederacji Lewiatan szczególnie w perspektywie 2007-2013 przedsiębiorcy musieli borykać się w licznymi przeszkodami w uzyskaniu i efektywnym wykorzystaniu wsparcia. Przede wszystkim szwankował przepływ informacji - trudno było zaplanować działania, bo zwykle z niewielkim wyprzedzeniem znane były terminy naboru wniosków. Nie publikowano harmonogramów długookresowych, konkursy były przesuwane. Podobnie sytuacja wyglądała z terminami oceny, które także niejednokrotnie znacznie się przedłużały - trudno było szacować, kiedy projekt będzie można rozpocząć.
 
Przedsiębiorcy na etapie ubiegania się o środki, a także w czasie realizacji projektów, musieli znać i stosować szereg przepisów rozproszonych w wielu dokumentach, które co więcej ulegały zmianom. Na to nakładały się problemy z jakością oceny eksperckiej - część ocen nie spełniała oczekiwań, różniła się zasadniczo, chociaż dotyczyły tego samego projektu, a ich prawidłowość była kwestionowana przez firmy. Oceny bywały zbyt ogólne i niepoparte wystarczającym uzasadnieniem. Nie było (nie ma) jednego formularza wniosku dla danego typu działania czy typu wnioskodawcy - każda instytucja może stosować inny generator. Problemem był także wybór podwykonawców - ograniczenia dotyczyły zarówno terminu podpisywania umów, jak i tego, kogo można wybrać do współpracy oraz w jaki sposób to zrobić (tu wiele nieprawidłowości związanych było w prawidłowym upublicznianiem oferty). To tylko przykłady problemów. Część z nich udało się już wyeliminować w obecnej perspektywie finansowej 2014-2020, chociaż pomimo pewnych usprawnień mówi się o niej, że łatwo już było, a teraz na pieniądze z Unii Europejskiej mogą liczyć tylko najlepsi. Wyniki kontroli NIK mają być znane jesienią 2017 r.