Czy z uwagi na ograniczenia programu handlowego faktury mogą być zapisywane kilkakrotnie?

Pytanie

Firma korzysta oprócz programu FK z programu handlowego, z którego dokumenty są eksportowane do FK. Z uwagi na ograniczenia programu handlowego faktury są zapisywane kilkakrotnie (najczęściej 2 razy). Osobno są księgowane towary na koncie 330 i część zobowiązania wobec kontrahenta no koncie 200 (łącznie z częścią podatku VAT), a osobno np. koszty transportu na koncie zespołu 4 i kolejna część zobowiązania wobec kontrahenta na koncie 200 (łącznie z częścią podatku VAT). W związku z takim rozwiązaniem w rejestrze zakupu ta sama faktura pojawia się 2 lub nawet 3 razy w częściach. Tak samo jest na koncie podatku VAT.

Czy takie rozwiązanie jest prawidłowe?