W 2007 roku gdański urząd skarbowy zwrócił kościelnemu wydawnictwu Stella Maris (właścicielem wydawnictwa jest Archidiecezja Gdańska) podatek VAT od transakcji, jakie ta firma przeprowadziła między 1999 a 2002 rokiem. Zwrotu dokonano w oparciu o zwolnienie z podatku przysługujące instytucjom kościelnym. Wraz z podatkiem wypłacono odsetki w wysokości prawie 6,7 mln zł.
W lutym br. gdański sąd okręgowy orzekł, że odsetki zostały wypłacone bezprawnie i nakazał archidiecezji zwrot pieniędzy. Kościół zaskarżył decyzję i w środę przed sądem apelacyjnym odbyła się rozprawa. Po wysłuchaniu argumentów obu stron sąd poinformował, że wyrok w tej sprawie zostanie ogłoszony 20 listopada. Będzie to już decyzja prawomocna, będzie od niej można złożyć jedynie skargę kasacyjną do Sądu Najwyższego.
O zwrot odsetek wystąpił w 2009 r. ten sam urząd skarbowy, który je wypłacił: szefostwo urzędu dopatrzyło się uchybień w podjętych dwa lata wcześniej decyzjach swoich pracowników i zwróciło się z wnioskiem do Prokuratorii Generalnej (reprezentuje ona Skarb Państwa w tego rodzaju sprawach) o złożenie pozwu cywilnego przeciwko archidiecezji.

Reprezentujący stronę kościelną mecenas Oskar Luty przekonywał w środę w sądzie, że archidiecezja nie powinna oddawać wspominanych odsetek, bo wypłacił je „kompetentny urząd”, a strona kościelna przyjęła je w „dobrej wierze” i wydała nie mając świadomości, że decyzja może być niezgodna z prawem. Luty zwrócił też uwagę na niejasność i zawiłość przepisów podatkowych.

Pełnomocnik Prokuratorii Generalnej Piotr Kaczorkiewicz zasugerował z kolei w środę przed sądem, że wydawnictwo Stella Maris – jako firma, która wielokrotnie korzystała ze zwolnień podatkowych, musiało znać także przepisy dotyczące odsetek od podatku. Kaczorkiewicz powiedział, że decyzja pracowników urzędu skarbowego o wypłacie odsetek wydawnictwu Stella Maris została wydana „z tak rażącym naruszeniem prawa”, że została ona uchylona. Wspomniał m.in., że decyzję tą wydano „z urzędu”, a nie na podstawie – koniecznego w takiej sytuacji, wniosku zainteresowanej strony.
Przed gdańskim sądem od września 2008 r. toczy się proces ws. afery Stella Maris. Oskarżonymi są: 61-letni b. kapelan abp. Tadeusza Gocłowskiego i jego pełnomocnik w Stella Maris, ks. Z.B. (sąd pozwolił jedynie na podawanie inicjałów oskarżonych) oraz 46-letni b. dyrektor wydawnictwa, syn znanego trójmiejskiego adwokata, T.W. Na ławie oskarżonych zasiada też m.in. współwłaściciel dwóch firm konsultingowych z Gdyni J.B., który w latach PRL był pracownikiem cenzury.

Wszyscy odpowiadają za współudział w przywłaszczeniu mienia ponad 20 spółek handlowych na kwotę ponad 67 mln zł, pranie pieniędzy oraz uszczuplenia podatkowe na szkodę Skarbu Państwa w wysokości kilkunastu milionów złotych. Grozi im do 10 lat więzienia.
Według prokuratury afera Stella Maris polegała na tym, że firmy konsultingowe J.B. i jego oskarżonego wspólnika K.K. zawierały z różnymi spółkami kontrakty na doradztwo, których wykonanie powierzali z kolei kościelnemu wydawnictwu. W rzeczywistości usługi te były całkowicie fikcyjne i zlecenia nigdy nie zostały wykonane.

Jeśli sąd prawomocnie uzna winę oskarżonych, Prokuratoria Generalna będzie mogła wystąpić o zwrot samego podatku VAT wypłaconego przez urzędy skarbowe wydawnictwu Stella Maris.