W uzasadnieniu wyroku NSA podkreślił, że podatek od towarów i usług jest neutralny dla podatnika pod warunkiem, że ewidencja obrotów jest prowadzona w prawidłowy sposób. Zdaniem sądu w przypadku Waldemara Gronowskiego podatek VAT od przekazanych na cele dobroczynne towarów stanowił tylko niewielką część zaległości, o które toczył się spór. Kontrolerzy skarbowi dowiedli, że wielkość darowizn przekazanych przez przedsiębiorcę stanowiła jedynie 6 proc. kwoty należnej wpłaty z tytułu podatku VAT i podatku dochodowego, natomiast pozostałe 94 proc. to zobowiązanie wynikające z tytułu niezaewidencjonowanej sprzedaży. Wskazywała na to duża różnica między zakupionymi i sprzedanymi produktami, a wykazywaną sprzedażą.

Według Ministerstwa Finansów legnicki piekarz niesłusznie stał się symbolem osoby pokrzywdzonej przez administrację podatkową, ponieważ w tym przypadku działalność charytatywna była jedynie listkiem figowym dla nieuczciwych działań wobec budżetu państwa. Paradoksalnie historia ta ma także pozytywny aspekt - sprawa piekarza, choć krzywdząco przywoływana jako przykład błędu kontroli skarbowej, przyczyniła się do oczekiwanej i potrzebnej zmiany przepisów w zakresie opodatkowywania przekazanej charytatywnie żywności. Od 2009 r. darowanie przez producenta towarów spożywczych instytucjom charytatywnym na ich działalność jest zwolnione z VAT. Jednak - jak zauważył sąd - legnicki przedsiębiorca, właśnie ze względu na nieprawidłową ewidencję podatkową, nie mógłby skorzystać z tych przepisów nawet wtedy, gdyby obowiązywały już wcześniej.