Sąd połączył dwie skargi przeciwko Generalnemu Inspektorowi Ochrony Środowiska – jedną złożoną przez Muzeum Pałac w Wilanowie i drugą – przez organizacje ekologiczne takie jak: „ Światowid” , „Ekologiczny Ursynów” i „ Zielone Mazowsze”.
Organizacje te kwestionowały ustalenia środowiskowe  uwarunkowań podjęcia zgody na realizację inwestycji.

Zarząd Pałacu w Wilanowie zaskarżył fragment decyzji, która dotyczy odprowadzania wód podczas budowy autostrady. Miały być one wylewane do rowu, który prowadzi do Jeziorka Wilanowskiego. Jeśli zanieczyści się jeziorko, to i pałac straci na funkcjonalności.
Organizacje ekologiczne zarzuciły inwestorowi i GIOŚ zignorowanie dyrektywy UE w sprawie oceny skutków decyzji dla środowiska ( nr 85/337/WE) . Stanowi ona, że przed pojęciem decyzji właściwy organ ochrony środowiska musi uwzględnić opinie zainteresowanych.
Drugi zarzut to nie uwzględnienie zastrzeżeń ekspertów związanych z ochroną niektórych gatunków owadów, a trzeci – dotyczy nadmiernej emisji spalin i sposobu wentylacji przyszłego tunelu.
Organizacje powołały się na wyrok z 31 października 2008 r., w którym WSA uchylił decyzję Ministra Środowiska w sprawie węzła Puławska – Lubelska (sygn. akt IV SA/Wa 689/08).

Sygnatura akt WSA IV SA/wa 553/12, IV SA/Wa 555/12