Z takimi regulacjami nie zgadza się Prezydent RP, który skierował ustawę do TK. W ocenie prezydenta wprowadzone regulacje są niezgodne z konstytucją, gdyż "zobowiązano nimi marszałka Sejmu do ingerencji w działalność kontrolną NIK" oraz nieprecyzyjnie zdefiniowano termin "audyt zewnętrzny". Zwrócono także uwagę, że "NIK dysponuje najszerszymi kompetencjami w porównaniu z innymi organami władzy". "Jeżeli celem działalności kontrolnej NIK jest zapewnienie właściwego funkcjonowania systemu organów państwa, to można przyjąć, że należyta realizacja tej funkcji może być zagrożona lub wręcz uniemożliwiona poprzez wprowadzenie regulacji, które ograniczają jej samodzielność" - napisano we wniosku do TK.

Ponadto zlecenie audytu zewnętrznego NIK przez marszałka Sejmu oznacza - w ocenie prezydenta - przekroczenie zasady podległości NIK Sejmowi. Najwięcej kontrowersji w trakcie prac nad nowelizacją budziła sprawa audytu zewnętrznego NIK. W trakcie prac sejmowych wprowadzono dodatkowe zapisy, dotyczące audytu. Natomiast Senat zgłosił poprawkę, mówiącą wprost, że audyt nie może dotyczyć działalności kontrolnej Izby. Sejm odrzucił jednak tę poprawkę, uznając, że dalsze doprecyzowywanie przepisów jest niezasadne. Nowelizacja ustawy o NIK ustala liczbę wiceprezesów na trzech. Wprowadza zapis, że dyrektorzy i wicedyrektorzy NIK są powoływani na pięcioletnią kadencję, ale przepis ma obowiązywać dopiero od roku 2013.