Europejski Komitet Ekonomiczno-Społeczny wyraził wątpliwości co do skuteczności stosowania urządzeń prześwietlających w celu zwiększenia bezpieczeństwa. Kwestia ta, w połączeniu z wysokimi kosztami tego typu skanerów, pozostaje sednem problemu. Alternatywne rozwiązanie, które można rozważyć i które zasugerował EKES, polega na wykorzystaniu dostępnych technologii do wstępnego wykrywania źródeł zagrożenia, które następnie będzie można dokładniej rozpoznać dzięki kontroli ręcznej. Zważywszy na tempo rozwoju technologicznego, EKES opowiedział się raczej za maksymalnym wykorzystaniem dostępnych obecnie narzędzi w oczekiwaniu na pojawienie się innych technologii, które lepiej odpowiadają temu celowi i które w mniejszym stopniu naruszają intymność i bezpieczeństwo niż obecne skanery.

EKES obawia się, że skanery ciała naruszają prywatność a być może także i prawa podstawowe, w przypadku gdyby uzyskane przez nie obrazy były przechowywane, drukowane lub rozpowszechniane w sposób nieuprawniony. Na poparcie swej tezy Komitet przypomniał o rozpatrywanej przez sąd na Florydzie sprawie dotyczącej zgromadzenia przez agentów ochrony, a następnie opublikowania w internecie, 35 tys. zdjęć ze skanerów ciała.

Komitet sprzeciwia się ograniczaniu praw podstawowych motywowanemu względami bezpieczeństwa publicznego. Opowiedział się natomiast za tym, by pasażerowie mogli nie poddać się sprawdzaniu przez skaner ciała, nie ponosząc w związku z tym konsekwencji w postaci opóźnień czy długotrwałego oczekiwania w kolejce do wszechstronnej kontroli. Wezwał Komisję do opracowania skutecznych rozwiązań prawnych, dzięki którym pasażerowie nie będą obawiali się odmówić poddania się kontroli skanerowej.

EKES, organ doradczy UE, przypomniał również, że brak jest przekonujących dowodów na to, że promieniowanie emitowane przez skanery nie stanowi zagrożenia dla zdrowia. Jego zdaniem, dopóki wątpliwości te nie zostaną rozwiane, korzystanie ze skanerów ciała nie jest zalecane. Komitet wezwał ponadto Komisję Europejską, by opracowała konkretne przepisy dotyczące pasażerów szczególnie narażonych na ewentualne zagrożenie zdrowia, np. kobiet w ciąży, dzieci i osób niepełnosprawnych. EKES krytycznie odniósł się do zamiaru Komisji, która proponuje zastąpienie nazwy „skanery ciała” przez wyrażenie „skanery bezpieczeństwa", politycznie bardziej „atrakcyjne”. Ostro skrytykował europejskie władze wykonawcze za próbę narzucenia nowych zasad i brak dostatecznie otwartych i szeroko zakrojonych debat politycznych, w miejsce których zorganizowano niejasne dyskusje między ekspertami.