Na łamach swojej gazety skarżący zarzucał lekarzowi nieprawidłowości w funkcjonowaniu szpitala, a także popełnienie błędów w sztuce lekarskiej. Dziennikarz pisał o braku kompetencji lekarzy,  m. in. o błędzie przy operacji 15 letniego chłopca, jaki miał popełnić chirurg „ściągnięty do szpitala” przez lekarza. Dziennikarz przypomniał także o „wpadce” samego M. S. zakończonej śmiercią pacjenta, którym się zajmował. „Jedni w takiej sytuacji mówią o pechu, inni o braku kwalifikacji. A można dodać trzecią opinię: i jedno i drugie…” – komentował dziennikarz.   Zarzucał też w swoich tekstach władzom szpitala niegospodarność, złą organizację, nieprawidłowości w polityce kadrowej, niekompetencję personelu, niewielką liczbę wykonywanych operacji. „W szpitalu sytuacja robi się dramatyczna i znamionują ją m. in. niezrozumiałe dla wielu zejścia śmiertelne” – pisał J. Banaszczyk.  
Lekarz skierował prywatny akt oskarżenia przeciwko Janowi Banaszczykowi po tym jak w 2005 r. opublikował serię krytycznych artykułów na temat niepokojącej sytuacji w kętrzyńskim szpitalu. Z prywatnym aktem oskarżenia wystąpił także sam szpital.
24 marca 2009 r. Sąd Rejonowy w Kętrzynie uznał dziennikarza winnym zniesławienia zarówno dyrektora jak i szpitala oraz skazał go na karę 6 miesięcy pozbawienia wolności z warunkowym zawieszeniem jej wykonania na okres 3 lat próby. Sąd nakazał ponadto dziennikarzowi publiczne przeproszenie lekarza. W uzasadnieniu orzeczenia wskazano przede wszystkim na niedopełnienie przez dziennikarza wszystkich wymogów rzetelności dziennikarskiej. Zdaniem sądu, J. Banaszczyk oparł się w swoim artykule na niewiarygodnych źródłach, w szczególności anonimowym liście skierowanym do władz miasta, który był przedmiotem debaty podczas jednej z sesji rady gminy. Sąd stwierdził, że dziennikarz powinien był ograniczyć się do obiektywnego przekazania czytelnikom treści listu oraz podejść z dystansem do zawartych tam tez. Skarżący jednak dodatkowo wzmocnił wymowę listu swoimi krytycznymi komentarzami. Dziennikarz oparł się także na rozmowie z matką poszkodowanego pacjenta (która – jak zaznaczył sąd – nie mogła być obiektywna) oraz na rozmowie z lekarzem z lekarskiej komisji dyscyplinarnej (który jednak - zdaniem sądu - nie miał pełnej wiedzy co do okoliczności sprawy).  
Ponadto sąd uznał, że dziennikarz niezasadnie kwestionował kompetencje zawodowe  lekarza w sytuacji, gdy miał on wszystkie wymagane dyplomy lekarskie. Sąd uznał również, że dziennikarz niesłusznie i przedwcześnie przypisał odpowiedzialność leakrza za błąd w sztuce lekarskiej popełniony bezpośrednio przez innego chirurga, którego ofiarą był 15-letni chłopiec. Zwłaszcza że, jak podkreślono w orzeczeniu, postępowanie karne, które miało na celu zbadać udział dyrektora w tym zdarzeniu, było nadal w toku w chwili publikacji artykułów. W konsekwencji sąd uznał, że dziennikarz nierzetelnie opisał sytuację w szpitalu oraz incydenty, które miały w nim miejsce i tym samym naraził dyrektora i szpital na utratę zaufania opinii publicznej i pacjentów.  Jednocześnie sąd uniewinnił dziennikarza od niektórych zarzutów, w szczególności tych odnoszących się do postępowania działaczy związkowych szpitala.
Sąd Okręgowy w Olsztynie w wyroku z 4 marca 2010 r. zmienił częściowo orzeczenie sądu pierwszej instancji uniewinniając skarżącego od zarzutu zniesławienia szpitala. Sąd doszedł do wniosku, że formułowanie ogólnych krytycznych ocen w odniesieniu do generalnej sytuacji panującej w tej placówce było uzasadnione okolicznościami faktycznymi. Wyrok skazujący został jednak utrzymany w zakresie zniesławienia chirurga. Jednocześnie Sąd Okręgowy złagodził zasądzoną w pierwszej instancji sankcję do kary 6 tys. zł. grzywny.
ETPC komunikując sprawę polskiemu rządowi (skarga nr 66299/10), skierował do stron postępowania pytanie, czy doszło w tym przypadku do nieproporcjonalnej i niekoniecznej w demokratycznym społeczeństwie ingerencji w swobodę wypowiedzi w rozumieniu art. 10 ust. 2 Konwencji.

Źródło: Helsińska Fundacja Praw Człowieka