Jak wynika ze sprawozdania z działalności izb za 2009 rok, szesnaście rio przeprowadziło w tym okresie 1162 kontrole. Część z nich (771) miała charakter kompleksowy i wynikała z obowiązku ich wykonania w każdej jst co najmniej raz na cztery lata. Pozostałe miały charakter bardziej doraźny i dotyczyły m.in. sprawdzenia wykonania poprzednich wniosków pokontrolnych lub analizy realizacji przez gminy konkretnych zadań. 169 kontroli związanych było z przesyłanymi do regionalnych izb obrachunkowych doniesieniami o możliwości popełnienia przestępstwa. Pisma w tej sprawie kierowały do organów nadzoru finansowego policja, prokuratura, wojewodowie, CBA, ale także inne instytucje, osoby prawne i mieszkańcy. Nie brakowało także anonimów.
Z analizy Krajowej Rady RIO wynika, że jednostkami w których przeciętnie występowało najwięcej popełnianych i wykrywanych naruszeń prawa były gminy miejsko-wiejskie oraz województwa samorządowe. Ustalenia kontroli kompleksowych gmin miejsko-wiejskich wskazują, że na każdą z przeprowadzonych kontroli przypadało średnio około 19 różnego rodzaju błędów. Największą liczbę nieprawidłowości stwierdzono w zakresie działań związanych z realizacją budżetu, w tym dochodów i przychodów (np. słabe egzekwowanie zaległości w opłatach i podatkach lokalnych) oraz wydatków i rozchodów (np. niewłaściwe rozliczanie kosztów podróży służbowych). Często pojawiały się także problemy związane z funkcjonowaniem księgowości i sprawozdawczości budżetowej (np. nieprawidłowe stosowania klasyfikacji budżetowej dochodów i wydatków, przypadki wykazywania w sprawozdaniach danych niezgodnych z ewidencją księgową). (PAP Serwis Samorządowy)