Z  kodeksu postępowania karnego projekt usuwa wszystkie odniesienia do zatrzymania dowodów. Podkreślając walory funkcjonalne i korzyści nakazu dochodzeniowego (END), Rada Legislacyjna dostrzega również słabe strony unijnej dyrektywy. Związane są one zwłaszcza ze sferą niedostatecznych gwarancji procesowych w procedurze realizacji europejskiego nakazu dochodzeniowego.
Rada Legislacyjna ma m.in. wątpliwości, co do przepisu, który mówi o wydaniu END, dotyczącego kontroli i utrwalania rozmów telefonicznych oraz utrwalania przy użyciu środków technicznych treści innych rozmów lub przekazów informacji, w tym korespondencji przesyłanej pocztą elektroniczną.
W uzasadnieniu projektu ustawy ograniczono się do powtórzenia brzmienia przepisu dyrektywy, bez wyjaśnienia szczegółów tego rozwiązania. Mając na uwadze, że wskazane w projektowanym przepisie środki dowodowe prowadzą do ograniczenia  praw i wolności, takich w szczególności jak: prawo do prywatności oraz prawo do wolności i poufności komunikowania się, należałoby doprecyzować zakres formuły o odpowiednim stosowaniu przepisów - uważają eksperci Rady.
Co więcej  Rada Legislacyjna zwraca uwagę na brak odzwierciedlenia w projektowanej ustawie przepisów dyrektywy, dotyczących odpowiedzialności funkcjonariuszy uczestniczących w procedurze END.