Do dnia 1 stycznia 2014 r. Minister Sprawiedliwości w porozumieniu z Ministrem Obrony Narodowej wyda odpowiednie rozporządzenie regulujące właściwość powszechnych jednostek organizacyjnych prokuratury. Rozporządzenie powinno przewidywać utworzenie w Prokuraturze Generalnej departamentu oraz utworzenie w prokuraturach okręgowych i rejonowych wydziałów właściwych.

Przejęcie mienia
Projekt zakłada jednocześnie, że całe dotychczasowe mienie i środki budżetowe pozostające w dyspozycji likwidowanych wojskowych jednostek organizacyjnych prokuratury zostaną przeznaczone dla tworzonego departamentu i wydziałów ds. wojskowych w powszechnych jednostkach organizacyjnych prokuratury. Powyższe rozwiązanie pozwoli na przejęcie dotychczasowego mienia jednostek organizacyjnych prokuratury na potrzeby wskazanego departamentu i wydziałów ds. wojskowych w powszechnych jednostkach organizacyjnych prokuratury, pozwalając tym samym na kontynuację prowadzonych postępowań i wykonywania dotychczasowych czynności. Z tego powodu przewiduje się wydanie przez Prezesa Rady Ministrów rozporządzenia, w którym ustalone zostaną zasady i tryb przejęcia przez Prokuratora Generalnego od Ministra Obrony Narodowej mienia i środków budżetowych pozostających dotychczas w dyspozycji wojskowych jednostek organizacyjnych prokuratury.


Ochrona praw nabytych
Niezwykle istotnym problemem jest przejęcie kadry prokuratorskiej wojskowych jednostek organizacyjnych prokuratury do struktur powszechnych. Stanowiskami równorzędnymi w wojskowych i powszechnych jednostkach organizacyjnych prokuratury są stanowiska w Prokuratorze Generalnej i Naczelnej Prokuraturze Wojskowej, prokuraturze okręgowej i wojskowej prokuraturze okręgowej, prokuraturze rejonowej i wojskowej prokuraturze garnizonowej. Przewiduje się, że 1 stycznia 2014 r. prokuratorzy Naczelnej Prokuratury Wojskowej staną się prokuratorami Prokuratury Generalnej, prokuratorzy wojskowej prokuratury okręgowej – prokuratorami prokuratury okręgowej, a prokuratorzy wojskowej prokuratury garnizonowej – prokuratorami prokuratury rejonowej. Powyższa regulacja respektuje ochronę praw nabytych prokuratorów wojskowych jednostek organizacyjnych prokuratury. Jednocześnie uregulowano zagadnienie, że okres pracy na stanowisku prokuratora Naczelnej Prokuratury Wojskowej jest równorzędny z okresem pracy odpowiednio na stanowiskach prokuratora Prokuratury Krajowej lub Prokuratury Generalnej. Taka regulacja gwarantuje zaliczenie stażu pracy prokuratora w Naczelnej Prokuraturze Wojskowej i zaliczenie go do uzyskania odpowiedniego uposażenia wojskowego lub wynagrodzenia w stawce awansowej. Analogiczna regulacja dotycząca pozostałych prokuratorów wojskowych jednostek organizacyjnych zawarta został w art. 18 ust. 8 projektu ustawy.

Powołania bez opinii KRP
Artykuł 18 ust. 3 i 4 projektu ustawy przewiduje, że Prokurator Generalny z dniem 1 stycznia 2014 powoła byłych prokuratorów wojskowych jednostek organizacyjnych prokuratury  na odpowiednio równorzędne lub za ich zgodą bezpośrednio niższe stanowiska prokuratorów powszechnych jednostek organizacyjnych prokuratury przeznaczone dla oficerów zawodowych (stanowiska prokuratorów wojskowych). Natomiast prokuratorów wojskowych jednostek organizacyjnych prokuratury niebędących oficerami zawodowymi powoła się na równorzędne lub za ich zgodą na bezpośrednio niższe stanowiska prokuratorów powszechnych jednostek organizacyjnych prokuratury, w obu przypadkach niezależnie od liczby stanowisk prokuratorskich i z pominięciem procedury przed Krajową Radą Prokuratury. Przepis wyłącza procedurę postępowania przed Krajową Radą Prokuratury, gdyż osoby powoływane ze struktur prokuratur wojskowych są już aktualnie prokuratorami, zaś projektowane przepisy zakładają jedynie włączenie tych prokuratorów do struktur powszechnych jednostek organizacyjnych prokuratury wyłącznie na równorzędne , bądź za ich zgodą bezpośrednio niższe stanowiska prokuratorskie. Sformułowanie „niezależnie od liczby stanowisk prokuratorskich” oznacza, że prokuratorzy ci nie będą przenoszeni na wolne miejsca prokuratorskie, w procedurze konkursowej, lecz zostaną powołani niezależnie od liczby wolnych etatów prokuratorskich.

Do czasu powołania Naczelnego Prokuratora Wojskowego jego zadania wykonywac będzie dotychczasowy Naczelny Prokurator Wojskowy. 
 
Źródło: MS