Prof. Stanisław Biernat w swoim zdaniu odrębnym do wyroku TK z 13 marca br. stwierdził, że skoro Trybunał nie orzekł, czy przepisy ustawy o stosunku państwa do kościoła katolickiego są zgodne z konstytucją, to Naczelny Sąd Administracyjny będzie musiał podjąć  rozstrzygniecie w tej kwestii. Nie wykluczone, że zastosuje analogię do wyroku Trybunału w części dotyczącej ustawy o stosunku państwa do gmin wyznaniowych żydowskich. Są to bowiem przepisy o identycznym brzmieniu. Do umorzenia postępowania przez Trybunał Konstytucyjny w zakresie ustawy o stosunku państwa do kościoła katolickiego nie ma podstaw – wyraźnie podkreślił sędzia Biernat. I podał kilka powodów. Uzasadnione było wydanie orzeczenia merytorycznego, gdyż jest to konieczne dla ochrony konstytucyjnych wolności i praw ( art.39 ust.3 ustawy o TK). Zgodnie z tym przepisem Trybunał nie może umorzyć postępowania mimo, że akt normatywny utracił moc obowiązującą, a wydanie orzeczenia jest konieczne dla ochrony konstytucyjnych wolności i praw.

Gminy korzystają z praw konstytucyjnych
Z praktyki stosowania zaskarżonej ustawy wynika, że występowały naruszenia praw majątkowych osób trzecich, także osób prywatnych w wyniku orzeczeń komisji majątkowej. - Wbrew temu co uważa Trybunał osoby te nie mogły uzyskać skutecznie ochrony swoich praw i były pozbawione prawa do sądu – podkreślił prof. Biernat. 
Wynikało to z jednolitego stanowiska sądów powszechnych, Sądu Najwyższego i sądów administracyjnych, które normę zawartą w art.63 ust.8 ustawy o stosunku państwa do kościoła katolickiego rozumiały jako normę wyłączającą wszelkie środki prawne wobec spraw majątkowych. Nie ma też znaczenia skala tego zjawiska.
- Nie zgadzam się z poglądem Trybunału, że art.39 ust.3 wyklucza ochronę praw gmin – powiedział prof. Biernat. – Uważam, ze gminy korzystają z konstytucyjnych praw i prawa te nie są tożsame z wolnościami prawami z rozdziału II Konstytucji ( wolności i prawa obywatelskie), lecz prawa gmin są prawami odrębnymi.
Ekwiwalentem prawa własności z art.64 jest art. 165 ust.1 Konstytucji , a  prawo gmin z art.165 ust.2 jest odpowiednikiem art. 45 – prawo do sądu, czy ochrony sądowej.

Pozbawianie majątku gmin.
Gmina to wspólnota samorządowa i jednostka zasadniczego podziału terytorialnego oraz jednostka podstawowa samorządu terytorialnego. W kontekście prawa do sądu, chodzi o gminę pozbawianą swojej własności w postępowaniu, w którym nie bierze udziału  i którym nie ma możliwości ochrony swoich spraw – uzasadniał zdanie odrębne prof. Biernat. – Jest to gmina poddana oddziaływaniu z zewnątrz. Taka sytuacja uprawdopodobnia, że dochodzi do naruszenia praw gminy gwarantowanych przez art.165 ust.1 i ust.2.A zatem Trybunał powinien się merytorycznie zająć komisją majątkową.
 Prof. Biernat zaznacza, że gmina jest wspólnotą działającą w interesie lokalnym. Własność i prawa majątkowe są gwarancją ich samodzielności.
- Uzasadnienie wyroku TK z 13 marca br. uważam za niespójne, wewnętrznie sprzeczne i za nie liczące się z kanonami prawa administracyjnego – zakończył prof. Biernat.
 
Czytaj także: TK: postępowanie przed komisją bez udziału samorządów było zgodne z konstytucją