ETS rozstrzygnie czy w latach 2007-2008 opodatkowanie podatkiem od czynności cywilnoprawnych pożyczek udzielanych spółkom przez ich udziałowców było zgodne z prawem. Opodatkowanie podatkami pośrednimi od gromadzenia kapitału (w tym podatek od czynności cywilnoprawnych) w krajach UE reguluje Dyrektywa kapitałowa, której celem jest zniesienie obciążeń kapitałowych ograniczających swobodny przepływ kapitału pomiędzy państwami członkowskimi.

Polski ustawodawca zgodnie z duchem Dyrektywy kapitałowej z dniem akcesji zniósł podatek kapitałowy od pożyczek udzielanych spółkom przez ich udziałowców, wprowadził go jednak ponownie 1 stycznia 2007 r. Dyrektywa kapitałowa pozwala pobierać Państwom Członkowskim podatek kapitałowy, ale jedynie wg. tzw. „zasady kontynuacji”, czyli tylko tym Państwom, które pobierały go z dniem 1 lipca 1984 r. Polska raz rezygnując z poboru podatku i wprowadzając go ponownie, nie postępowała już zgodnie z tą zasadą.

15 marca 2010 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach skierował do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej pytanie prejudycjalne dotyczące zgodności z prawem wspólnotowym polskich przepisów przewidujących w latach 2007-2008 opodatkowanie podatkiem od czynności cywilnoprawnych pożyczek udzielanych spółkom przez ich udziałowców. Tym samym sąd stawia pytanie czy Polska nie naruszyła prawa wspólnotowego (w szczególności zasady standstill) najpierw zwalniając spółki z obowiązku opodatkowania pożyczek od udziałowców podatkiem od czynności cywilnoprawnych w dniu akcesji do UE, a następnie przywracając ten podatek od 1 stycznia 2007.

„Postanowienie WSA ma kolosalne znaczenie dla polskich przedsiębiorców. Ci, którzy zapłacili w latach 2007-2008 podatek od czynności cywilnoprawnych z tytułu uzyskanych pożyczek od udziałowców zyskali niezwykle istotne argumenty, aby występować z wnioskami o stwierdzenie nadpłaty w tym podatku” – uważa Tomasz Konik, doradca podatkowy Deloitte, pełnomocnik podatnika z postępowaniu przed ETS. „Uzasadnia to zwłaszcza fakt, iż już wcześniej WSA w Warszawie w wyroku z 11 września 2009 r. wprost stwierdził, iż skoro Polska, z dniem przystąpienia do Unii Europejskiej, zwolniła z podatku pożyczkę udzieloną spółce przez wspólnika, to podjęła nieodwracalną decyzję, której nieodwracalność wynika z zasady standstill obowiązującej na gruncie przepisów Dyrektywy kapitałowej oraz z celu tej Dyrektywy” – potwierdza Krzysztof Gil, doradca podatkowy Deloitte i pełnomocnik podatnika z postępowaniu przed ETS.