Nie uwzględnił tym samym wniosku olsztyńskiego sądu rejonowego, do którego z Prokuratury Okręgowej w Białymstoku trafił akt oskarżenia dotyczący Małkowskiego. Po kilku tygodniach zapoznawania się z aktami sprawy sąd rejonowy wystąpił bowiem do apelacyjnego w Białymstoku, o przekazanie jej sądowi wyższej instancji, czyli okręgowemu w Olsztynie.
Swój wniosek argumentował "szczególną wagą i zawiłością sprawy". Sąd apelacyjny ocenił jednak, że nie ma prawnych przesłanek do uznania, że sprawa jest szczególnie zawiła i wymaga przekazania sądowi okręgowemu. Postanowienie jest niezaskarżalne.
Prokuratura Okręgowa w Białymstoku oskarżyła byłego prezydenta Olsztyna m.in. o gwałt oraz usiłowania gwałtu, za co grozi do 12 lat więzienia. W sumie przedstawiono mu cztery zarzuty dotyczące czterech pokrzywdzonych. Wśród nich są zarzuty "doprowadzenia do obcowania płciowego lub poddania się innej czynności seksualnej przez nadużycie stosunku zależności" oraz uporczywego naruszania praw pracowniczych. Czesław Małkowski twierdzi, że jest niewinny.
Śledztwo w tej sprawie białostocka prokuratura prowadziła od lutego 2008 roku. Sprawę przejęła od olsztyńskiej prokuratury. W marcu 2008 r. Małkowskiemu postawiono zarzuty i został on aresztowany, wyszedł na wolność pod koniec września tamtego roku.
W listopadzie 2008 r. w wyniku referendum stracił stanowisko prezydenta. W ubiegłorocznych wyborach samorządowych ubiegał się o powtórny wybór, ale przegrał w drugiej turze. Jest natomiast radnym w olsztyńskiej radzie miejskiej. Zgadza się na podawanie w mediach jego danych osobowych. (PAP)