Wprowadzona do ustawy zmiana upoważnia marszałka Sejmu do zlecania audytu zewnętrznego w NIK, określa uprawnienia takiego audytora oraz obowiązki pracowników NIK związane z audytem. Sprawozdanie z audytu wraz ze stanowiskiem prezesa NIK ma być przekazywane marszałkowi Sejmu.
Według prezydenta nowe przepisy są niezgodne z konstytucją, gdyż "zobowiązano nimi marszałka Sejmu do ingerencji w działalność kontrolną NIK" oraz nieprecyzyjnie zdefiniowano termin "audyt zewnętrzny". Ponadto zlecenie audytu zewnętrznego NIK przez marszałka Sejmu oznacza - w ocenie prezydenta - przekroczenie zasady podległości NIK Sejmowi.