Sądy wojskowe nie będą zlikwidowane, ale Ministerstwo Sprawiedliwości chce je lepiej wykorzystać. Sprawami związanymi z funkcjonowaniem armii sądy wojskowe zajmą się tylko w sytuacjach nadzwyczajnych – np. na misjach wojskowych czy w czasie wojny. W pozostałym czasie wspomogą sądy powszechne. W sytuacjach nadzwyczajnych pierwszeństwo będą jednak miały sprawy wojskowe. Zmiany dotkną 58 sędziów wojskowych, którzy dziś orzekają w siedmiu sądach garnizonowych i dwóch okręgowych.
Michał Królikowski, wiceminister sprawiedliwości, który reformę przygotowuje, mówi „Rzeczpospolitej", że nie ma mowy o żadnych delegacjach czy przeniesieniach sędziów wojskowych do jednostek powszechnych. W przyszłości miałby zadziałać sąd dwutorowo. Struktura na czas pokoju, i druga na czas nadzwyczajny – np. wojny.