Autorzy stanowiska KPP w tej sprawie przypominają, że zgodnie z obowiązującym w Polsce prawem usługi zdrowotne - zarówno finansowane ze środków publicznych jak i prywatnych - są zwolnione z podatku VAT. Oznacza to, że podmioty inwestujące w unowocześnianie i rozwój infrastruktury nie są nagradzane przez państwo możliwością odliczania kosztu poniesionego podatku VAT. Konfederacja przeanalizowała dyrektywę z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej i uznała, że na jej podstawie można wyodrębnić świadczenia opieki zdrowotnej finansowane ze środków prywatnych, na które może być wprowadzona stawka obniżona, jednak nie niższa niż 5 proc., co w polskim systemie oznacza możliwość wprowadzenia 7 proc. stawki podatku VAT. Zgodnie z „Dyrektywą VAT” obligatoryjne zwolnienie usług medycznych dotyczy tylko i wyłącznie czynności podejmowanych przez podmioty prawa publicznego lub innych działających na warunkach socjalnych, porównywalnych do stosowanych w odniesieniu do instytucji prawa publicznego.
Eksperci Konfederacji twierdzą, że przekonali Ministerstwo Finansów, że zgodnie z prawem unijnym istnieje możliwość wprowadzenia podatku na świadczenia opieki zdrowotnej finansowane ze środków prywatnych. Zdaniem KPP umożliwi to szybszy rozwój sektora ochrony zdrowia oraz częstszą rewitalizację infrastruktury medycznej. Spowoduje to już w krótkiej perspektywie podniesienie jakości świadczonych usług, ponadto pozwoli budżetowi państwa na uzyskanie dodatkowych środków, oraz odciąży inwestora publicznego.
Zdaniem Konfederacji złym rozwiązaniem byłoby wprowadzenie obowiązku posiadania kas fiskalnych przez podmioty medyczne prowadzące pełną rachunkowość i, dokumentujące sprzedaż za pomocą faktur. Oznacza to dla tych firm obowiązek prowadzenia podwójnej dokumentacji sprzedaży, a także - ze względu na zwolnienie z VAT usług medycznych i mechanizm zwrotu części kosztu kasy fiskalnej poprzez ulgę w odprowadzanym podatku VAT - przerzuca całość kosztów tej operacji na zakłady opieki zdrowotnej. nie przyczyniając się do uszczelnienia systemu podatkowego.
Zdaniem KPP rozszerzenie obowiązku posiadania kas fiskalnych jest uzasadnione tylko w przypadku uwzględnienia obu wniosków KPP, dzięki czemu zostaną uporządkowane kwestie podatkowe w systemie ochrony zdrowia.