Europejski Rzecznik Praw Obywatelskich bada skargi złożone na niewłaściwe administrowanie w instytucjach i organach Unii Europejskiej, takich jak między innymi Rada Unii Europejskiej oraz Parlament Europejski, Europejska Agencja ds. Leków oraz Europejski Fundusz ds. Poprawy Warunków Życia i Pracy. Spod jurysdykcji Europejskiego Rzecznika wyjęte są jedynie Trybunał Sprawiedliwości, Sąd Pierwszej Instancji oraz Sąd do spraw Służby Publicznej, wykonujących swoje funkcje sądowe.
Europejski Rzecznik Praw Obywatelskich z reguły prowadzi postępowanie na podstawie skarg, może również wszcząć postępowanie z własnej inicjatywy.