Oznacza to, że cywilni pracownicy kontyngentów (np. lekarze, psycholodzy, ratownicy medyczni, prawnicy) stracą prawo do nadgodzin, czyli nie będą wobec nich stosowane zasady Kodeksu pracy. Spod zasad Kodeksu pracy są obecnie wyłączeni żołnierze kontyngentów, których czas pracy określony jest zadaniami służbowymi, co jest zgodne z prawem europejskim.

Po zmianach w ustawie te dwie grupy: pracownicy i żołnierze, wykonujący zadania wspólnie i w takich samych warunkach, będą traktowani jednakowo, czyli ich czas pracy będzie określany zadaniami służbowymi.

Te zmiany są konieczne, ponieważ w przypadku pracowników cywilnych na misji trudno rozdzielić czas pracy od czasu wolnego. W praktyce tacy pracownicy wykonują swoje zadania zawsze, gdy jest to konieczne (np. w soboty, niedziele, porze nocnej) i na ogół nie jest możliwa jednoznaczna ocena – ze względu na nagły i nieprzewidywalny charakter zdarzeń – czy podjęte czynności były wykonywane w czasie pracy czy w czasie wolnym. Często pracownicy traktują niektóre zadania jako realizowane w godzinach nadliczbowych, za które powinni otrzymać dodatkowe wynagrodzenie.

Dodatkowe trudności z odróżnieniem czasu pracy od wypoczynku pojawiają się w sytuacji wprowadzenia najwyższego stanu gotowości bojowej, czy też w czasie trwania ataku. Jednocześnie nie jest możliwe zatrudnienie większej liczby pracowników, bo stan osobowy kontyngentu jest określany przez prezydenta.

Proponowane wyłączenie przepisów Kodeksu pracy wobec cywilnych pracowników wojska, oznacza usunięcie ograniczeń dotyczących rozliczania ich czasu pracy, zwłaszcza w zakresie przestrzegania normy dobowej i tygodniowej, przerwy na odpoczynek, pracy w niedzielę i święta, w nocy, a przede wszystkim nadgodzin.

Ponadto, obecnie dowódca musi prowadzić dokumentację czasu pracy pracowników zatrudnionych w kontyngencie, czyli uzupełniać kartę czasu pracy w zakresie obejmującym: pracę w niedzielę i święta, w porze nocnej, w godzinach nadliczbowych oraz w dodatkowe dni wolne od pracy. Nowe regulacje odciążą dowódcę kontyngentu od czynności biurokratycznych związanych z wprowadzaniem tych danych oraz wyliczaniem każdemu pracownikowi ilości przepracowanych przez niego godzin nadliczbowych.

Trzeba też przypomnieć, że w przypadku pracowników cywilnych wyjazd na misje jest dobrowolny i są oni świadomi ekstremalnych warunków, w jakich będą wykonywać swoją pracę. Rekompensatą za wyjątkowo uciążliwe warunki pracy jest wyższe wynagrodzenie obejmujące dodatki: wojenny (zwiększony) i zagraniczny.

Wysokość tych dodatków ustalono w sposób sztywny za czas udziału w kontyngencie, a nie np. w relacji do godzin faktycznego świadczenia pracy. Oznacza to, że w sytuacji, kiedy np. pracownik nie świadczy pracy, to jednak pobiera dodatki (wojenny i zagraniczny) w pełnej wysokości.

Ponadto, obecne rozwiązania prawne dla dowódców kontyngentów rodzą poważne skutki finansowe związane z wypłatami dodatkowych wynagrodzeń za nadgodziny. Orzeczenie Sądu Najwyższego z czerwca 2011 r. spowodowało, że wynagrodzenie za godziny nadliczbowe, które od stycznia do września 2011 r. wynosiło średnio 18 zł za godzinę – wzrosło do ok. 75 zł za godzinę, czyli o ponad 400 proc. Przy założeniu, że rocznie ok. 60 pracowników wyjeżdża w kontyngentach wojskowych, dla budżetu oznaczałaby to wydatek ok. 600 tys. zł.

Nowe regulacje nie będą dotyczyć pracowników wojska, z którymi nawiązano stosunek pracy przed dniem wejścia znowelizowanej ustawy w życie.