Protokół został przygotowany w oparciu o aktualną wersję Modelowej Konwencji OECD w sprawie podatku od dochodu i majątku. Z umowy zostały usunięte zapisy dotyczące tax sparingu. które pozwalają na zaliczenie na poczet należnego podatku dochodowego, podatku, który tylko w teorii miałby zostać zapłacony, jednakże z powodu ulg podatkowych został objęty zwolnieniem. Zapis ten był powszechnie wykorzystywany przez polskich podatników w celu obejścia prawa podatkowego i zmniejszenia wysokości podatku od otrzymywanych dywidend.

Ponadto, dla dwóch dodatkowych kategorii dochodów, tj. dochodów przedsiębiorstw oraz zysków z przeniesienia własności majątku, przewidziano tzw. metodę odliczenia proporcjonalnego, jako właściwą do uniknięcia podwójnego opodatkowania. Zastosowanie tej metody, zamiast metody wyłączenia z progresją, w przypadku zysków przedsiębiorstw, umożliwi rozliczenie strat ponoszonych przez zakład polskiego przedsiębiorstwa, usytuowany na Cyprze, a w odniesieniu do zysków z przeniesienia własności majątku ma na celu przeciwdziałanie zmianom charakteru uzyskiwanego dochodu w celu uzyskania korzystniejszego wyniku podatkowego.

Protokół obniża do 5 proc. stawkę podatku pobieranego u źródła od dywidend i od odsetek i wprowadza klauzulę "beneficial owner", której przeznaczeniem jest ograniczenie korzyści umownych do osób uprawnionych, tj. mających miejsce zamieszkania w drugim umawiającym się państwie.

Wprowadza także zmianę zapisu dotyczącego wynagrodzeń otrzymywanych z tytułu zasiadania w zarządzie bądź radzie nadzorczej spółki. Przepis ten wykorzystywany jest przez polskich rezydentów w celu uniknięcia opodatkowania w Polsce, poprzez tworzenie fikcyjnych struktur na Cyprze. Zgodnie z tą zmianą, osoba mająca miejsce zamieszkania w Polsce, osiągająca dochód z tytułu członkostwa w zarządzie spółki cypryjskiej, podlega opodatkowaniu wyłącznie w Polsce. Analogiczna zasada znajduje zastosowanie w odniesieniu do rezydentów cypryjskich.

Oświadczenie rządowe z 15 listopada 2012 r. w sprawie mocy obowiązującej Protokołu o zmianie Umowy między Rządem Rzeczypospolitej Polskiej a Rządem Republiki Cypru w sprawie unikania podwójnego opodatkowania w zakresie podatków od dochodu i majątku, podpisanego w Nikozji 22 marca 2012 r. opublikowane zostało we wtorkowym Dzienniku Ustaw (Dz. U., poz. 1384). Opublikowany został także tekst Protokołu (Dz. U., poz. 1383).