W przedmiotowej sprawie prezydent miasta, będący organem wykonawczym i reprezentującym miasto na zewnątrz został zobowiązany do wyzbycia się posiadanej nieruchomości na rzecz Skarbu Państwa. Po wywłaszczeniu, nieruchomością nadal gospodarować będzie ten sam prezydent miasta, teraz jednak, jako reprezentant Skarbu Państwa. Tym samym nieruchomość, zarówno przed wywłaszczeniem jak i po wywłaszczeniu, będzie w posiadaniu miasta. Zmianie ulega jedynie właściciel nieruchomości.

Miasto uznało, że nie jest podatkiem VAT od odszkodowania za nieruchomość przejętą z mocy prawa, jeżeli przejmującym jest Skarb Państwa - w imieniu którego działa to samo miasto, jako zarządca tej nieruchomości. Według miasta czynność wywłaszczenia za odszkodowaniem, w takim przypadku, nie podlega ustawie o VAT.

Fiskus nie zgodził się z tym stanowiskiem i uznał, że dokonując dostawy nieruchomości należącej do gminnego zasobu, miasto występuje w roli właściciela nieruchomości. Z kolei przejmując tę nieruchomość reprezentuje Skarb Państwa. A zatem własność nieruchomości zostanie przeniesiona na inny podmiot. W ocenie organu w sprawie dochodzi więc do odpłatnej dostawy towaru opodatkowanej VAT.

Sprawa trafiła do WSA w Białymstoku. Zdaniem sądu dokonując kwalifikacji danej czynności na potrzeby VAT należy oderwać się od jej uwarunkowań cywilistycznych a skoncentrować się na aspekcie faktycznym, ze szczególnym uwzględnieniem tego, czy w ramach danej czynności zrealizowany został obrót podlegający opodatkowaniu. W rozpatrywanej sprawie nie sposób przyjąć, że poprzez dokonanie wywłaszczenia za odszkodowaniem doszło do rozporządzenia rzeczą jak właściciel, skoro władztwo nad nieruchomością będącą przedmiotem wywłaszczenia nadal pozostaje przy tym samym podmiocie. Nieruchomością znajdującą się w zasobach gminnych, wywłaszczoną następnie na rzecz Skarbu Państwa w dalszym ciągu będzie gospodarować prezydent miasta. Sporna nieruchomość, zarówno przed wywłaszczeniem jak i po, jest w posiadaniu miasta, zmianie ulega jedynie właściciel nieruchomości. Wynika to z takiego a nie innego ukształtowania przez ustawodawcę sposobu gospodarowania nieruchomościami, stanowiącymi z jednej strony własność Skarbu Państwa a z drugiej własność gminy, mającej status miasta na prawach powiatu.

Tym samym w realiach niniejszej sprawy, wywłaszczenie nieruchomości stanowiącej własność miasta na rzecz Skarbu Państwa niewątpliwie doprowadziło do zmian stosunków własnościowych, zgodnie z regułami prawa cywilnego, jednakże na gruncie prawa podatkowego taka czynność nie może być uznana za dostawę towarów w rozumieniu ustawy o VAT. I nie ma tu znaczenia kwestia odpłatności dostawy towarów, którą jest wysokość odszkodowania. Zdaniem sądu sam fakt odpłatności, przy braku podstawowego elementu obowiązku podatkowego, jakim jest dostawa towaru, nie może świadczyć o istnieniu obowiązku podatkowego w VAT.

Wyrok WSA w Białymstoku z 18 marca 2013 r., I SA/Bk 37/13