Problem ten dotyczy na przykład zakładów pracy chronionej, które składają za swoich pracowników zeznania podatkowe uwzględniające ulgę na dzieci. Może się zdarzyć w związku z tym, że nie one miały środków na wykonywanie powierzonych im zadań. Zaliczki od dochodów nieprzekraczających pierwszego progu skali podatkowej w 90 % są bowiem przekazywane na zakładowy fundusz rehabilitacji. Może zatem dojść do sytuacji, że przez większą część roku na fundusz ten nie wpłyną żadne zaliczki, ponieważ pracodawca będzie musiał najpierw odzyskać ulgę wypłaconą pracownikom. W praktyce oznacza to, że nie będzie w stanie wypełnić zadań obejmujących pomoc niepełnosprawnym.

Sprawa ta stała się przedmiotem interpelacji poselskiej (nr 772), skierowanej do ministra finansów. W odpowiedzi na nią Ministerstwo Finansów wskazało, że od początku obowiązywania przepisów ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176, z późn. zm., dalej: ustawa), tj. od 1 stycznia 1992 r., zakłady pracy są obowiązane dokonywać rocznego obliczenia podatku, jeżeli ze stosownym wnioskiem zwróci się do nich pracownik. W obecnym stanie prawnym kwestię tę reguluje art. 37 ustawy. Przepis ust. 1 wskazanego wyżej artykułu stanowi, że jeżeli podatnik, od którego zaliczki miesięczne pobierają płatnicy określeni w art. 31, art. 33 lub art. 35 ust. 1 pkt 1, 2, 4 i 7 ustawy (w tym pracownik), złoży płatnikowi (m.in. zakładowi pracy) przed dniem 10 stycznia roku następującego po roku podatkowym oświadczenie sporządzone według ustalonego wzoru, które traktuje się na równi z zeznaniem, że:
1) poza dochodami uzyskanymi od płatnika nie uzyskał innych dochodów, z wyjątkiem dochodów określonych w art. 30-30c oraz art. 30e ustawy,
2) nie korzysta z ulg podatkowych innych niż odliczanych przez płatnika, tj. składek na ubezpieczenia społeczne, składek na ubezpieczenie zdrowotne, dokonanych zwrotów nienależnie pobranych świadczeń,
3) nie korzysta z możliwości opodatkowania swoich dochodów łącznie z dochodami małżonka albo w sposób przewidziany dla osób samotnie wychowujących dzieci,
4) nie ma obowiązku doliczenia kwot uprzednio odliczonych, z wyjątkiem zwróconej za pośrednictwem płatnika uprzednio odliczonej i zapłaconej składki na ubezpieczenie zdrowotne
- płatnik jest obowiązany sporządzić, według ustalonego wzoru, roczne obliczenie podatku, na zasadach określonych w art. 27 ustawy, od dochodu uzyskanego przez podatnika w roku podatkowym.

Przy dokonywaniu rocznego obliczenia podatku płatnik - poza wymienionymi wyżej tytułami - uwzględnia na wniosek podatnika koszty uzyskania przychodów w wysokości faktycznie poniesionych i udokumentowanych imiennymi biletami okresowymi oraz kwotę ulgi z tytułu wychowywania dzieci, o której mowa w art. 27f ustawy. Przy czym warunkiem uwzględnienia ulgi rodzinnej przez płatnika w rozliczeniu rocznym jest złożenie płatnikowi przez podatnika - w terminie do 10 stycznia – oświadczenia, w którym:
- stwierdza, że spełnia warunki uprawniające do skorzystania z ulgi (określone w art. 27f ustawy);
- wskaże liczbę dzieci, na które przysługuje odliczenie;
- wskaże kwotę przysługującego odliczenia (obliczoną zgodnie z art. 27f ust. 2-5 ustawy).

Podatnik może zatem upoważnić płatnika do uwzględnienia w rocznym obliczeniu podatku także kwoty ulgi z tytułu wychowywania dzieci, odliczanej od podatku.

Co do zasady, za 2007 r. limit ulgi wynosi 1145,08 zł na każde wychowywane dziecko i przysługuje łącznie obojgu rodzicom. Jednakże wysoka kwota ulgi z tytułu wychowywania dzieci skutkuje wysokimi nadpłatami wynikającymi z rozliczenia rocznego za 2007 r., w tym dokonywanego za pośrednictwem zakładów pracy.

Z kolei zgodnie z art. 37 ust. 4 ustawy, jeżeli z obliczenia rocznego wynika nadpłata, płatnik zalicza ją na poczet zaliczki należnej za marzec, a jeżeli po pobraniu tej zaliczki pozostaje nadpłata, zwraca ją podatnikowi w gotówce. Zwrócone nadpłaty w gotówce płatnik potrąca z kwot pobranych zaliczek przekazywanych urzędom skarbowym, wykazując je w deklaracji, o której mowa w art. 38 ust. 1a ustawy (tzw. PIT-4R).

Ministerstwo Finansów stwierdziło, że w praktyce - z uwagi na wysoką kwotę ulgi na dzieci - mogą wystąpić przypadki, w których płatnik nie będzie miał możliwości kompensaty nadpłat zwracanych w gotówce z zaliczek pobranych od bieżących wynagrodzeń (np. ze względu na niskie zaliczki lub ich całkowity brak), lub wystąpi sytuacja braku zaliczek do odprowadzenia na Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych lub zakładowy fundusz rehabilitacji osób niepełnosprawnych, stosownie do postanowień art. 38 ust. 2 i 2a ustawy.

Resort finansów wskazał, że zmiana tego stanu rzeczy jest możliwa wyłącznie poprzez zmianę obecnych przepisów, np. nowelizację przepisów o podatku dochodowym od osób fizycznych, polegającej na tym, aby podatnicy, którym przysługuje prawo do ulgi z tytułu wychowywania dzieci, rozliczali się samodzielnie w urzędzie skarbowym, a nie za pośrednictwem płatnika (w tym zakładu pracy).

Resort finansów wskazał też, że problem wskazany w interpelacji nie może zostać rozwiązany na gruncie przepisów ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60, z późn. zm.). Przepisy Ordynacji podatkowej nie przewidują procedur umożliwiających pracodawcom odzyskanie w inny sposób, od przewidzianego w art. 37 ust. 4 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, kwot nadpłat zwróconych pracownikom w gotówce, których pracodawca nie może potrącić z kwot zaliczek pobieranych od bieżących wynagrodzeń. Wypłacone pracownikom kwoty nadpłat, niezrekompensowane pracodawcom na podstawie przepisu art. 37 ust. 4 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, nie stanowią nadpłaty w rozumieniu art. 72 ustawy – Ordynacja podatkowa. A zatem nie ma możliwości ich zarachowania na poczet „osobistych” zobowiązań podatkowych pracodawcy na podstawie art. 76 Ordynacji podatkowej. Również art. 59 § 1 ustawy – Ordynacja podatkowa nie przewiduje jako formy wygaśnięcia zobowiązania podatkowego podatnika zaliczenia na poczet tych zobowiązań równowartości kwoty zwróconej pracownikowi i niepotrąconej w trybie art. 37 ust. 4 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.