Po przeprowadzeniu rozprawy Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług jest zgodny z art. 2 oraz art. 64 ust. 1 i 2 w związku z art. 31 ust. 3 Konstytucji.
Trybunał Konstytucyjny rozpatrzył zarzuty Rzecznika Praw Obywatelskich analizując -pominięte we wniosku ograniczającym się do analizy ustawy o VAT - odpowiednie przepisy Ordynacji podatkowej, prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi i kodeksu postępowania administracyjnego, a ponadto regulacje Dyrektywy 2006/112 (odpowiednio Szóstej Dyrektywy 77/388) oraz orzecznictwo sądów administracyjnych i ETS. Trybunał wziął także pod uwagę przedstawioną przez Ministra Finansów praktykę stosowania kwestionowanego przez RPO przepisu.
Zdaniem Trybunału Konstytucyjnego systemowa analiza gwarancji, zabezpieczających interesy płatnika VAT przed arbitralnością administracji finansowej, prowadzącej postępowanie wyjaśniające, nie potwierdza zarzutów wniosku. Zwłaszcza przepisy ustawy – Ordynacja podatkowa i kodeks postępowania administracyjnego powodują, że kwestionowany przepis ustawy o VAT nie stwarza sam w sobie ryzyka naruszenia praw podatnika, który w prawidłowy i rzetelny sposób korzysta z przysługującego mu prawa do uzyskania zwrotu różnicy podatku – stwierdził Trybunał. Procedura sprawdzająca - stosowana zgodnie z przepisami uzasadniającymi jej wprowadzenie - pośrednio jest wręcz korzystna dla podatnika.
Kwestionowany przepis ustawy o VAT określa zarówno przesłanki wszczęcia postępowania sprawdzającego, jak i wyznacza ramy czasowe jego prowadzenia. Informacje przedstawione Trybunałowi Konstytucyjnemu przez Ministra Finansów potwierdzały, że złożoność życia gospodarczego oraz indywidualne zachowania podatników powodują, że stworzenie zamkniętego katalogu przesłanek, których wystąpienie uzasadnia przedłużenie terminu do dokonania zwrotu podatku, jest niemożliwe. Minister Finansów wskazał jednocześnie listę przykładowych przesłanek wszczęcia postępowania. W praktyce postępowanie wyjaśniające jest wszczynane wtedy, gdy z prowadzonych postępowań kontrolnych wynika, że dotychczasowe nieprawidłowości w rozliczeniach mogą mieć wpływ na bieżące rozliczenia podatnika, gdy brak aktywności samego podatnika lub jego celowe działania uniemożliwiają potwierdzenie zasadności zwrotu oraz w wypadku konieczności ustaleń wymagających współpracy z innymi organami. Trybunał podkreślił, że Rzecznik Praw Obywatelskich formułując swój zarzut nie wziął pod uwagę możliwych jego interpretacji stosowanych w utrwalonym orzecznictwie sądowym. Nie wykazał też, że praktyka stosowania tego przepisu doprowadziła do nadania mu w trwały sposób niekonstytucyjnej treści.