Sprawa dotyczyła spółki, która złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych za 2011 r. w kwocie nieco ponad pół miliona złotych. Spółka podniosła, że w zeznaniu CIT-8 za 2011 r., ustalając podstawę opodatkowania nie uwzględniła dochodów zwolnionych uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, w związku z błędnym przyjęciem, iż od 1 stycznia 2011 r. utraciła prawo do stosowania ulgi.

Spółka korzystała bowiem ze zwolnienia od podatku dochodowego na podstawie art. 12 ust. 1 ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych. Ustawa ta - w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2000 r. - przewidywała, że dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwolenia mogą być, w drodze rozporządzenia Rady Ministrów, całkowicie zwolnione z podatku dochodowego w okresie równym połowie okresu, na jaki została ustanowiona strefa. Natomiast dochody uzyskane w latach podatkowych następujących po roku podatkowym, w którym wygasło całkowite zwolnienie od podatku dochodowego, mogą być, w drodze rozporządzenia Rady Ministrów, zwolnione od podatku dochodowego w pozostałym okresie, na jaki ustanowiona została strefa, w części nie przekraczającej 50 proc. takich dochodów.

Według spółki, mając na uwadze zasadę ochrony praw nabytych, do dnia 31 grudnia 2011 r. przysługiwało jej pełne (100 proc.) zwolnienie z podatku dochodowego od osób prawnych, a w okresie od 1 stycznia 2012 r. do 14 listopada 2017 r. przysługiwać jej będzie zwolnienie w wysokości 50 proc. dochodu osiągniętego w specjalnej strefie ekonomicznej. Należy bowiem podkreślić, że otrzymane przez spółkę jeszcze w 2001 r. zwolnienie z podatku dochodowego (od dochodu uzyskanego w związku z prowadzeniem działalności na terenie SSE) początkowo obowiązywało dłużej, niż do 31 grudnia 2010 r. Jednak w wyniku nowelizacji ustawy o SSE zwolnienie to w odniesieniu do średnich przedsiębiorców - czyli także w odniesieniu do Spółki - zostało ograniczone czasowo, właśnie do 31 grudnia 2010 r.

Fiskus się nie zgodził. Wątpliwości dotyczyły kwestii zgodności z Konstytucją przepisów prawa materialnego, mających zastosowanie w sprawie. Zdaniem organu, zmiana przepisów była zgodna z Konstytucją, była bowiem podyktowana koniecznością dostosowania polskiego ustawodawstwa do postanowień Traktatu akcesyjnego. Poza tym, zdaniem organu, spółka miała możliwość wystąpienia (w terminie do 31 grudnia 2007 r.) z wnioskiem do ministra gospodarki o zmianę zasad dotyczących przyznanych zwolnień podatkowych na podstawie nowych przepisów. Spółka z uprawnienia tego nie skorzystała.

Sprawa ostatecznie trafiła do NSA. Zdaniem sądu, zasada ochrony praw nabytych zakazuje arbitralnego znoszenia lub ograniczania praw podmiotowych przysługujących jednostce lub innym podmiotom prywatnym występującym w obrocie prawnym. Ochrona praw nabytych nie oznacza jednak nienaruszalności tych praw i nie ma ona charakteru absolutnego. Odstąpienie od zasady ochrony praw nabytych jest dopuszczalne w szczególnych okolicznościach, gdy przemawia za tym inna zasada prawnokonstytucyjna. A w rozpatrywanej sprawie zmiana przepisów dotyczących prowadzenia działalności w specjalnych strefach ekonomicznych podyktowana była koniecznością dostosowania polskiego ustawodawstwa do postanowień Traktatu Akcesyjnego. Na mocy ratyfikowanej umowy międzynarodowej nastąpiła więc modyfikacja krajowego systemu stref ekonomicznych i warunków wykonywania w nich działalności gospodarczej. A konieczność dostosowania ustawodawstwa polskiego do warunków wynegocjowanych w Traktacie Akcesyjnym miała swoje oparcie w przepisach konstytucyjnych. Co więcej - ustawodawca, ustanawiając zasady dotyczące zwolnień od podatku dochodowego i preferencji określonych, w rozporządzeniu wyraźnie zastrzegł, że zasady te mogą ulec zmianie w celu ich dostosowania do zobowiązań Rzeczypospolitej Polskiej, jako członka Unii Europejskiej.

Nie można więc twierdzić, że spółka jako przedsiębiorca, planując przedsięwzięcie gospodarcze w perspektywie wieloletniej, nie mogła spodziewać się zmian w zasadach rządzących zwolnieniem od podatku dochodowego dochodu uzyskanego z działalności prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej i że została tą zmianą przez ustawodawcę w sposób niedopuszczalny zaskoczona. Biorąc przy tym pod uwagę, że zmiany te wprowadzone zostały w 2004 r., pozostawiając przedsiębiorcom odpowiednio dużo czasu na zmodyfikowanie założeń gospodarczych oraz zapewniając im możliwość wyboru "nowych" lub "starych" zasad dotyczących korzystania z wskazanych preferencji, nie ma żadnych wątpliwości co do zgodności omawianej regulacji z art. 2 Konstytucji RP.

Wyrok NSA z 31 marca 2016 r., sygn. akt II FSK 90/14