Generalnie rzecz ujmując, jak wynika z komentarza "Szacowanie przy transakcjach pomiędzy podmiotami powiązanymi" opublikowanego w Vademecum Głównego Księgowego, nieprawidłowości mogą polegać na niepełnym ustaleniu przez organy warunków porównywalnych, nieprzedstawieniu żadnych rozważań, które świadczyłyby o tym, że warunki te zostały przeanalizowane i porównane z powszechnie stosowanymi na rynku w tym samym miejscu i czasie w stosunku do tej samej dziedziny działalności gospodarczej. Ponadto brak uzasadnienia, w jaki sposób organ doszedł do wniosku, iż w obrocie między podmiotami niezależnymi warunki te są mniej korzystne, jest nieprawidłowe.
Naruszenie przepisów postępowania może polegać ponadto na niewykazaniu dostatecznie podstaw uprawniających organy podatkowe do uznania, że doszło do zaniżenia dochodu, albowiem możliwość szacowania dochodu, a tym samym wybór metody tego szacowania są dopuszczalne i zasadne dopiero po stwierdzeniu zaistnienia przesłanek szacowania.
Organ podatkowy każdorazowo zobowiązany jest do oceny porównywalności transakcji (podmiotów) w zakresie pełnionych funkcji i strategii. Powinien on więc odnosić się do zapisów dokumentacji podatkowej odzwierciedlających wykonywane przez podmioty powiązane zadania w kontekście funkcji i strategii podmiotów porównywanych. Ponieważ zapewnienie porównywalności transakcji jest koniecznym wymogiem szacunkowego określenia dochodu (uznania marży za adekwatną do sytuacji podmiotów powiązanych), zaniechanie organu w przedstawionym zakresie poczytać należy jako uchybienie mogące mieć istotny wpływ na wynik sprawy.
Nieprawidłowości mogą polegać w szczególności na niewykazaniu, że zawarte umowy odbiegają od warunków rynkowych. Mogą także być konsekwencją nieprzeprowadzenia żadnego postępowania wyjaśniającego, mającego udzielić odpowiedzi np. na pytanie: czy na wolnym rynku funkcjonuje podmiot, który mógłby udzielić spółce zależnej np. pożyczki, jaka została udzielona przez podmiot powiązany. Sądy oceniają, że dopiero w przypadku pozytywnej odpowiedzi na to pytanie istnieje konieczność zbadania, czy warunki takiej umowy odpowiadałyby warunkom przewidzianym w umowach zawartych przez podmiot powiązany.
Fragment komentarza "Szacowanie przy transakcjach pomiędzy podmiotami powiązanymi" opublikowanego w Vademecum Głównego Księgowego
