Pod rządami ustawy z 30 sierpnia 1991 r. o zakładach opieki zdrowotnej zagadnieniem spornym była kwestia posiadania przez niepubliczny zakład opieki zdrowotnej statusu podatnika podatku dochodowego od osób prawnych, odrębnego od jednostki go tworzącej, a w konsekwencji dopuszczalności korzystania przez niepubliczny zakład opieki zdrowotnej ze zwolnienia określonego w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT.
Organy podatkowe stały na stanowisku, że będący częścią innej jednostki NZOZ, nie jest odrębnym od osoby założyciela podatnikiem podatku dochodowego od osób prawych – jednostką organizacyjną niemającą osobowości prawnej. Zatem w konsekwencji, w ocenie tych organów, takim niepublicznym zakładom nie przysługiwało zwolnienie przedmiotowe określone w tym przepisie
Stanowisko powyższe nie znalazło akceptacji w orzecznictwie sądów administracyjnych. W wyrokach NSA, na bazie analizy przepisów ustawy o zakładach opieki zdrowotnej stwierdzono, że niepubliczny zakład opieki zdrowotnej utworzony przez osobę prawną, posiadający zdolność prawną, odrębną strukturę organizacyjną, odrębny przedmiot działania oraz majątek jest jako jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych i w konsekwencji może korzystać ze zwolnienia, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT, przy spełnieniu pozostałych warunków określonych w tej ustawie.
Minister finansów w wydanej przez siebie interpretacji ogólnej uznał, że stanowisko prezentowane przez sądy administracyjne ma charakter ukształtowanej linii orzeczniczej i powinno być uwzględniane w toku rozpatrywania spraw z zakresu podatku dochodowego. Należy zatem przyjąć, iż w stanie prawnym obowiązującym do 30 czerwca 2011 r. niepubliczny zakład opieki zdrowotnej jako jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej, mógł korzystać ze zwolnienia na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.
Interpretacja ogólna ministra finansów z 31 października 2013 r., DD6/033/139/MNX/13/RD-106351