Grupa kapitałowa to odrębny podatnik CIT

Czy podatkowa grupa kapitałowa może skorzystać z ulgi na badania i rozwój w odniesieniu do kosztów kwalifikowanych poniesionych przez spółkę, która sama wykazała stratę podatkową? Choć przez lata kwestia ta budziła istotne kontrowersje w praktyce organów podatkowych, w najnowszym wyroku, NSA opowiedział się za podejściem korzystnym dla podatników, wzmacniając linię orzeczniczą opartą na szczególnym statusie podatkowej grupy kapitałowej jako odrębnego podatnika CIT.

Kwestia prawa podatkowych grup kapitałowych (dalej: „PGK”) do korzystania z ulgi na badania i rozwój (dalej: „B+R”) od lat stanowiła przedmiot sporów rozstrzyganych przez sądy administracyjne. Do tego zagadnienia odniósł się Naczelny Sąd Administracyjny (dalej: „NSA”) w najnowszym wyroku z 18 czerwca 2026 r., sygn. II FSK 1006/23.

Przedmiotem rozważań sądu była możliwość odliczenia przez PGK kosztów kwalifikowanych poniesionych przez spółkę należącą do grupy, która prowadziła działalność B+R, lecz poniosła stratę podatkową. Kluczowe znaczenie miało ustalenie, czy dla celów zastosowania ulgi B+R należy brać pod uwagę wynik podatkowy tej konkretnej spółki, czy też skonsolidowany dochód podatkowy osiągnięty przez całą PGK.

Rozbieżności na gruncie stanowisk organów podatkowych

Warto wskazać, że zagadnienie to od lat budzi kontrowersje w praktyce interpretacyjnej organów podatkowych. Z jednej strony prezentowane jest stanowisko, zgodnie z którym prawo do odliczenia ulgi B+R przez PGK powinno być oceniane na poziomie samej grupy jako odrębnego podatnika CIT, a w konsekwencji ewentualna strata poniesiona przez spółkę prowadzącą działalność B+R nie powinna wyłączać możliwości uwzględnienia poniesionych przez nią kosztów kwalifikowanych, o ile PGK osiągnęła dochód podatkowy.

Jednocześnie w wielu interpretacjach Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: „KIS”) prezentował podejście przeciwne, uznając, że PGK może odliczyć koszty kwalifikowane jedynie w takim zakresie, w jakim prawo do odliczenia przysługiwałoby spółce ponoszącej te koszty. Oznacza to, że w przypadku wykazania przez taką spółkę straty podatkowej możliwość skorzystania z ulgi B+R przez PGK byłaby wyłączona. Z kolei, gdyby zamiast straty, spółka prowadząca działalność B+R osiągnęła dochód, to prawo PGK do bieżącego rozliczenia kosztów kwalifikowanych byłoby ograniczone do wysokości dochodu tej spółki.

W efekcie przez lata funkcjonowały dwie rozbieżne linie interpretacyjne, a kierunek rozstrzygnięcia sporu kształtował się na gruncie orzecznictwa sądów administracyjnych.

Sądy administracyjne po stronie podatników

Analiza dostępnego orzecznictwa wskazuje, że sądy konsekwentnie opowiadają się za rozliczaniem ulgi B+R na poziomie PGK. W orzeczeniach podkreślają, że z chwilą utworzenia PGK poszczególne spółki tracą status podatników CIT, natomiast podatnikiem staje się sama grupa. Konsekwencją takiego podejścia jest to, że właśnie z perspektywy dochodu PGK, a nie poszczególnej spółki tworzącej PGK, należy oceniać limit odliczenia kosztów kwalifikowanych.

Sądy zwracają uwagę, że ustalenie dochodów lub strat poszczególnych spółek ma wymiar przede wszystkim techniczny i służy ustaleniu skonsolidowanego wyniku podatkowego PGK zgodnie z zasadami określonymi w odpowiednich przepisach. Skoro zaś odliczenia z tytułu ulgi B+R dokonuje podatnik, tj. PGK, to brak jest podstaw do uzależniania prawa do ulgi od indywidualnego wyniku podatkowego spółki ponoszącej koszty kwalifikowane. Oznaczałoby to bowiem de facto przypisywanie poszczególnym spółkom statusu podatnika CIT, którego na gruncie przepisów o PGK nie posiadają.

Spór z fiskusem

Zakończony wyrokiem NSA spór z Dyrektorem KIS rozpoczął się od wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej, w którym PGK zwróciła się o potwierdzenie prawidłowości sposobu rozliczania ulgi B+R. Wnioskodawca przedstawił stan faktyczny, w którym spółka zależna, prowadząca działalność B+R, poniosła koszty kwalifikowane, jednocześnie wykazując stratę podatkową, podczas gdy PGK jako całość osiągnęła dochód. Na tym tle PGK zadała dwa pytania.

Po pierwsze, PGK chciała potwierdzić, czy była uprawniona do skorzystania z ulgi B+R za 2021 r. poprzez odliczenie od podstawy opodatkowania PGK kosztów kwalifikowanych poniesionych przez spółkę zależną, pomimo że spółka ta poniosła stratę podatkową. Po drugie, zwróciła się o potwierdzenie, że analogiczne zasady będą miały zastosowanie również w odniesieniu do przyszłych rozliczeń podatkowych.

W swoim uzasadnieniu wnioskodawca wskazał, że w obu przypadkach decydujące znaczenie powinien mieć dochód osiągnięty przez grupę jako podatnika CIT, a nie indywidualny wynik podatkowy spółki ponoszącej koszty kwalifikowane.

W tym kontekście, na uwagę zasługuje argumentacja przedstawiona przez PGK zarówno w samym wniosku o wydanie interpretacji jak i w toku postępowania sądowego. Spółka wskazywała, że organ podatkowy, próbując ograniczyć wysokość odliczenia do poziomu dochodu osiągniętego przez spółkę prowadzącą działalność B+R, w rzeczywistości przypisał tej spółce podmiotowość podatkową na gruncie podatku dochodowego od osób prawnych (dalej: „CIT”), której nie posiada ona po utworzeniu PGK. W konsekwencji, zdaniem wnioskodawcy, ustalanie przychodów, kosztów oraz wyniku podatkowego przez spółki tworzące PGK ma wyłącznie charakter pomocniczy i służy określeniu skonsolidowanego dochodu lub straty PGK. Oznacza to, że indywidualne wyniki spółek tworzących PGK nie powinny wpływać na zakres uprawnień, w tym prawo do skorzystania z preferencji w postaci ulgi B+R, przysługujących PGK jako podatnikowi CIT.

Jak argumentowała PGK, przyjęcie stanowiska organu podatkowego skutkowałoby wprowadzeniem ograniczenia, które nie znajduje oparcia w żadnym z przepisów ustawy o CIT. W szczególności ustawa nie przewiduje szczególnych zasad rozliczania ulgi B+R przez PGK ani nie nakazuje odnoszenia limitu odliczenia kosztów kwalifikowanych do wyników podatkowych poszczególnych spółek. Zdaniem wnioskodawcy, oznacza to, że PGK powinna korzystać z ulgi B+R na takich samych zasadach jak każdy inny podatnik CIT, a ewentualne ograniczenia nie mogą być wywodzone w drodze wykładni rozszerzającej.

Przywołano również argument systemowy, zgodnie z którym przyjęcie stanowiska prezentowanego przez organ prowadziłoby do podważenia samej istoty funkcjonowania PGK jako odrębnego podatnika. Uzależnienie prawa do ulgi B+R od wyników poszczególnych spółek oznaczałoby bowiem częściowy powrót do traktowania tych podmiotów jako samodzielnych podatników CIT (dokonano by niejako „dekonstrukcji” PGK).

PGK zwróciła również uwagę na formularz deklaracji podatkowej CIT-8AB, który nie przewiduje odliczania kosztów kwalifikowanych ani ich limitowania na poziomie poszczególnych spółek. Zgodnie z logiką formularza, najpierw wykazywany jest dochód PGK, ustalony jako agregacja dochodów i strat spółek ją tworzących, a dopiero w dalszej kolejności uwzględniane są odliczenia od podstawy opodatkowania, w tym wykorzystanie kosztów kwalifikowanych z tytułu ulgi B+R. Warto dodać, że choć argument ten nie miał charakteru rozstrzygającego, został dostrzeżony przez WSA.

Dyrektor KIS nie podzielił jednak stanowiska wnioskodawcy. Organ uznał, że choć podatnikiem istotnie jest PGK, to dla celów ustalenia wysokości odliczenia kosztów kwalifikowanych znaczenie powinien mieć wynik podatkowy spółki ponoszącej te koszty. W konsekwencji stwierdził, że jeżeli spółka prowadząca działalność B+R poniosła stratę, PGK nie ma prawa do odliczenia kosztów kwalifikowanych, a jeżeli dochód tej spółki byłby niższy od poniesionych przez nią kosztów kwalifikowanych, odliczenie powinno być limitowane do wysokości tego dochodu.

Pogląd organu został następnie zakwestionowany przez WSA w Warszawie, który uchylił wydane rozstrzygnięcie. Sąd pierwszej instancji uznał, że przepisy ustawy o CIT nie dają podstaw do uzależniania prawa PGK do ulgi B+R od wyniku podatkowego pojedynczej spółki należącej do grupy.

Pogląd ten został następnie potwierdzony przez NSA, który 18 czerwca 2026 r. oddalił skargę kasacyjną organu podatkowego.

Tezy wyroku NSA

W ustnym uzasadnieniu komentowanego wyroku NSA szczegółowo przeanalizował konstrukcję przepisów regulujących ulgę B+R oraz zasady opodatkowania PGK.

NSA zwrócił uwagę, że art. 18d ust. 1 ustawy o CIT przewiduje odliczenie kosztów kwalifikowanych od podstawy opodatkowania ustalonej zgodnie z art. 18 ustawy o CIT. Przepis ten odsyła z kolei do dochodu ustalanego na podstawie art. 7 albo art. 7a ustawy o CIT, przy czym w przypadku PGK zastosowanie znajduje art. 7a, regulujący sposób ustalania dochodu PGK. W ocenie Sądu taka konstrukcja przepisów jednoznacznie wskazuje, że ustawodawca powiązał ulgę B+R z dochodem i podstawą opodatkowania PGK jako podatnika, a nie z wynikiem podatkowym poszczególnych spółek wchodzących w skład PGK.

Jednocześnie NSA podkreślił, że choć spółki tworzące PGK są obowiązane ustalać własne dochody i straty, nie oznacza to, że ustalają one również własną podstawę opodatkowania. Podstawę opodatkowania określa wyłącznie PGK, a ponieważ ulga B+R jest odliczana właśnie od podstawy opodatkowania, jej rozliczenie powinno następować na poziomie PGK, a nie poszczególnych spółek.

W konsekwencji NSA uznał, że strata podatkowa poniesiona przez spółkę prowadzącą działalność B+R nie pozbawia PGK prawa do odliczenia kosztów kwalifikowanych, jeżeli sama PGK osiągnęła dochód pozwalający na skorzystanie z ulgi. Analogicznie, ewentualny dochód spółki prowadzącej działalność B+R nie powinien wpływać na wysokość odliczenia kosztów kwalifikowanych.

Odnosząc się dodatkowo do argumentów organu dotyczących obowiązków ewidencyjnych i dokumentacyjnych, NSA wyjaśnił, że okoliczność, iż koszty działalności B+R są ponoszone i dokumentowane przez konkretną spółkę należącą do PGK, pozostaje bez wpływu na sposób rozliczenia samej ulgi. Kwestia ta jest bowiem odrębna od kwestii ustalenia podmiotu, tj. podatnika CIT, uprawnionego do dokonania odliczenia kosztów kwalifikowanych.

Naszym zdaniem wyrok ten wpisuje się w korzystną dla podatników linię orzeczniczą dotyczącą rozliczania ulgi B+R przez PGK. 

Skutki dla podatników

Z perspektywy podatników funkcjonujących w ramach PGK lub rozważających utworzenie takiej grupy w przyszłości wyrok NSA zwiększa pewność rozliczeń ulgi B+R i ogranicza ryzyko kwestionowania odliczenia kosztów kwalifikowanych wyłącznie z uwagi na stratę lub niski poziom dochodu spółki prowadzącej działalność B+R. Orzeczenie potwierdza również, że sposób organizacji działalności B+R w ramach PGK nie powinien sam w sobie prowadzić do ograniczenia korzyści podatkowych przewidzianych przez ustawodawcę. Jest to szczególnie istotne w PGK, w których funkcje B+R są skoncentrowane w wyspecjalizowanych spółkach ponoszących znaczące nakłady na działalność innowacyjną lub badawczą, które nie zawsze przekładają się na ich bieżącą rentowność.

Znaczenie wyroku wykracza przy tym poza samą ulgę B+R. NSA potwierdził bowiem szerszą zasadę, zgodnie z którą uprawnienia podatkowe powinny być oceniane na poziomie PGK jako podatnika CIT, o ile przepisy nie przewidują wprost odmiennego rozwiązania. Argumentacja przedstawiona przez Sąd może zatem mieć znaczenie również przy wykładni innych preferencji podatkowych przewidzianych w ustawie o CIT.

Konkludując, choć wyrok nie eliminuje definitywnie rozbieżności w praktyce organów podatkowych, stanowi istotny argument przemawiający za traktowaniem PGK jako jednego podatnika również na potrzeby stosowania ulgi B+R. W praktyce powinien on ułatwić podatnikom obronę przyjętego sposobu rozliczeń zarówno na etapie kontroli podatkowych, jak i w ramach ewentualnych sporów z organami podatkowymi. Jednocześnie podatnicy powinni nadal zapewnić prawidłową identyfikację i dokumentowanie kosztów kwalifikowanych na poziomie spółek faktycznie prowadzących działalność B+R, ponieważ wyrok rozstrzyga sposób dokonania odliczenia, nie znosi natomiast obowiązków ewidencyjnych związanych z korzystaniem z ulgi.

Marcin Mańkowski, dyrektor w Zespole ds. Innowacji, Ulg i Dotacji w KPMG w Polsce

Mariusz Mierzwiński, menedżer w Zespole ds. Podatku Dochodowego od Osób Prawnych w KPMG w Polsce