Spółka uzyskała korzystną dla siebie interpretację indywidualną w zakresie zastosowania kluczy alokacji kosztów działalności oddziału. W oparciu o nią dokonała korekty rozliczeń, co wpłynęło na wysokość osiągniętego dochodu wolnego od podatku z tytułu prowadzenia działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej. W związku z tym spółka wystąpiła o stwierdzenie nadpłaty.


Fiskus przeprowadził kontrolę podatkową. Uznał jednak, że podatnik nie ma możliwości przyjęcia za podstawę rozliczenia kosztów innej metody lub stosowania różnych metod w tym zakresie, np. zmodyfikowanej metody dla oddziału, czyli zasady proporcjonalnego przyporządkowania kosztów odrębnie dla oddziału i odrębnie dla pozostałej części spółki. Naczelnik urzędu skarbowego dodatkowo wskazał, że uzyskana interpretacja indywidualna odnosiła się do zdarzenia przyszłego i nie może mieć zastosowania wstecz.
Ze zdaniem organu I instancji zgodził się dyrektor izby skarbowej, który zwrócił uwagę, że ustawa podatkowa nie zna pojęcia kluczy alokacji kosztów a przepisy o rachunkowości nie mają wpływu na rozliczenia podatkowe. 
Spółka konsekwentnie twierdziła, że jeżeli nie ma możliwości przyporządkowania kosztów uzyskania do działalności zwolnionej bądź opodatkowanej w sposób bezpośredni, można to zrobić w sposób pośredni - poprzez zastosowanie racjonalnie dobranego klucza rozliczeniowego. Dopiero gdy nie ma i takiej możliwości, zastosowanie znajduje klucz alokacji kosztów wynikający z przepisu art. 15 ust. 2 ustawy o CIT.


Ustawowy klucz przychodowy
Wojewódzki Sąd Administracyjny (I SA/Sz 974/15) podzielił pogląd organów podatkowych. WSA stwierdził, że niemożliwym było stwierdzenie nadpłaty w podatku w oparciu o klucz alokacji kosztów stworzony przez spółkę, który na dodatek odnosi się tylko do danego obszaru geograficznego. Sąd uznał, że ustawodawca wprowadził tzw. klucz przychodowy i ma on charakter autonomiczny i uniwersalny w sytuacji, gdy nie jest możliwe ustalenie kosztów uzyskania przypadających na poszczególne źródła. Ustawowego klucza przychodowego nie może zmieniać podatnik – podkreślał WSA.


Własne klucze alokacji kosztów
15 marca br. Naczelny Sąd Administracyjny (II FSK 610/16) uchylił wyrok WSA i decyzję organu. NSA uznał, że skoro nie ma w przepisach wyraźnego sformułowania o bezpośrednim związku kosztów, to podatnik ma prawo do uwzględnienia kosztów powiązanych w jakikolwiek sposób, w tym w sposób pośredni. Sąd uznał, że spółka ma prawo do zastosowania własnego klucza alokacji kosztów.
 

Orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w, Włodzimierz Nykiel  Orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w sprawach podatkowych. Komentarz >>