W przedmiotowej sprawie podatnik prowadzący internetowy serwis aukcyjny zamierza rozpocząć przesyłanie swoim kontrahentom faktur w formie elektronicznej. W złożonym wniosku o wydanie interpretacji prawa podatkowego chciał uzyskać odpowiedź, czy zaproponowany sposób przechowywania i przesyłania faktur w formie elektronicznej zapewni autentyczność i integralność faktur. Jako przepisy wymagające interpretacji wskazał rozporządzenie Ministra Finansów z 17 grudnia 2010 r. w sprawie przesyłania faktur w formie elektronicznej, zasad ich przechowywania oraz trybu udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej (Dz. U. Nr 249, poz. 1661).
Dyrektor Izby Skarbowej, w drodze postanowienia odmówił wszczęcia postępowania z wniosku podatnika. Jego zdaniem nie jest uprawnionym do dokonywania oceny wypełnienia warunków zapewnienia autentyczności pochodzenia i integralności treści przesyłanych faktur. Możliwość dokonania takiej oceny wymaga wiedzy specjalistycznej, której nie posiada. Według organu interpretacyjnego oceny takiej będzie mógł dokonać dopiero właściwy organ podatkowy lub organ kontroli skarbowej w toku kontroli podatkowej lub skarbowej.
Sprawa ostatecznie trafiła do NSA. Sąd kasacyjny przypomniał, że minister finansów wydaje pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego. A za przepisy prawa podatkowego należy uznać także przepisy aktów wykonawczych wydanych na podstawie ustaw podatkowych.
Zdaniem sądu, w świetle przepisów normujących wydawanie interpretacji indywidualnych, możliwa jest ocena stanowiska podatnika. Za niedopuszczalne uznać natomiast należało "odesłanie" wnioskodawcy do wyniku ewentualnego postępowania podatkowego, które to działanie niweczy sens postępowania interpretacyjnego. Skoro bowiem organ uważa, że daną sprawę można zbadać w postępowaniu podatkowym, to nie może twierdzić, iż jest to niemożliwe w postępowaniu interpretacyjnym. Organ ma bowiem możliwość wezwania wnioskodawcy o dodatkowe wyjaśnienia i informacje, w tym szczegółowe informacje dotyczące rozwiązań technicznych, które strona zamierza wykorzystać w celu zapewnienia autentyczności pochodzenia faktury oraz integralności treści. Nie można bowiem tracić z pola widzenia faktu, że instytucja interpretacji indywidualnych stanowi element ochrony praw jednostki przy wywiązywaniu się z obowiązków podatkowych. Celem wprowadzenia interpretacji indywidualnych była ochrona podatników przed konsekwencjami nieprawidłowego samoobliczenia zobowiązań podatkowych. Dodatkowo sąd wskazał, że argument organu o konieczności skorzystania z wiedzy specjalistycznej jest niewystarczający.
Wyrok NSA z 22 stycznia 2013 r., I FSK 357/12