Zasadniczo dopuszczalne są dwie sytuacje. Po pierwsze, sytuacja, w której jako pierwsze jest wszczynane postępowanie sądowe inicjowane wniesieniem skargi do sądu na indywidualną interpretację, a następnie dochodzi do „próby ” zmiany interpretacji przez ministra finansów z urzędu. Wówczas postępowanie kontrolne sądowo-administracyjne ma pierwszeństwo z racji zawisłości sprawy przed sądem.

Takie samo stanowisko zostało zajęte przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z dnia 29.1.2010 r., sygn. III SA/Wa 959/09, LEX, w którym sąd uznał, że z dniem wszczęcia postępowania sądowo-administracyjnego nie można już uruchomić trybu zmiany interpretacji na podstawie art. 14e §1 O. p. Podobne stanowisko zajął WSA w wyroku z dnia 18.5.2010 r., sygn. III SA/Wa 586/10, LEX.

W sytuacji odwrotnej tj. kiedy jako pierwsza zostaje zastosowana procedura z art. 14e §1 O. p, a następnie wnoszona jest skarga do WSA – wówczas postępowanie przed sądem zostaje zawieszone i toczy się wyłącznie procedura zmierzająca do zmiany interpretacji z urzędu przez ministra finansów.