Zgodnie z unijną dyrektywą o VAT, transgraniczne usługi przewozowe podlegają opodatkowaniu VAT w każdym państwie członkowskim za daną odległość pokonaną na jego terenie.

Tymczasem Polska - podkreśla KE - wprowadziła szczególny system VAT w odniesieniu do usług transgranicznego transportu pasażerskiego, wykonywanego sporadycznie autobusami zarejestrowanymi za granicą. Od kierowcy autobusu wymaga się zapłaty podatku w urzędzie celnym z chwilą wjazdu na terytorium Polski, a kwotę podatku ustala się w zależności od liczby pasażerów (w oparciu o średnią podstawę opodatkowania od podróżującej osoby, jako iloczyn stawki 7 proc. i kwoty 285 zł).

Ponadto, wbrew unijnej dyrektywie, przedsiębiorstwo przewozowe nie ma możliwości uzyskania zwrotu VAT zapłaconego w Polsce.

Polski system odbiega od przepisów wspólnotowych, gdyż zgodnie z dyrektywą w sprawie VAT, należny od operatora świadczącego usługi przewozowe podatek musi być zadeklarowany i zapłacony za pośrednictwem deklaracji VAT, a nie w formie jednorazowej opłaty na granicy. Ponadto, zgodnie z dyrektywą unijną, należna kwota podatku jest proporcjonalna do odległości pokonanej na terytorium Polski.

Ponadto Komisja Europejska uznała, że polskie przepisy prowadzą do „transgranicznych kontroli podatkowych", naruszając tym samym podstawowe zasady wspólnego systemu VAT.

Jeżeli przepisy nie zostaną zmienione w ciągu dwóch miesięcy, Komisja może zdecydować o skierowaniu sprawy do Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości.