Kwestia sporna dotyczyła m. in. tego, czy spółka w ogóle może być uznana za podatnika podatku od nieruchomości.
W przedmiotowej sprawie spółka wybudowała budynki i budowle na gruncie wydzierżawionym od zarządu portu. Grunt stanowił własność Skarbu Państwa. Fiskus uznał, że skoro budynki i budowle wzniesione zostały przez osobę trzecią - spółkę, nie zaś użytkownika wieczystego (zarząd portu), to wówczas stają się one częścią składową nieruchomości i tym samym stają się własnością właściciela gruntu, czyli Skarbu Państwa. Obowiązek podatkowy w podatku od nieruchomości od budynków i budowli wzniesionych przez osobę trzecią (spółkę) na gruncie Skarbu Państwa oddanym w użytkowanie wieczyste ciąży więc na spółce zgodnie z art. 3 ust. 1 pkt 4 lit. b u.p.o.l., jako posiadaczu budynków i budowli stanowiących własność Skarbu Państwa.
Zdaniem NSA, do którego ostatecznie trafiła sprawa, fakt, że strona w deklaracji podatku od nieruchomości wskazała siebie jako podatnika nie zwalniało fiskusa przy orzekaniu, od podjęcia czynności w celu sprawdzenia, czy strona jest podatnikiem w rozumieniu art. 3 ust. 1- 5 u.p.d.o.l. Podatnikiem podatku od nieruchomości od budynków i budowli wzniesionych przez dzierżawcę na gruncie oddanym w użytkowanie wieczyste jest użytkownik wieczysty na podstawie art. 3 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., gdyż jest on właścicielem tych budynków i budowli. Podatnikiem tym nie jest zatem dzierżawca gruntu. Brak jest podstaw do przyjęcia, że spółka jest podatnikiem podatku od nieruchomości na podstawie art. 3 ust. 1 pkt 4 lit. b u.p.o.l., nie zawarła bowiem umowy ze Skarbem Państwa. Umowę dzierżawy zawarła z zarządcą portu, który był użytkownikiem wieczystym gruntów.
Wyrok NSA z 24 lipca 2013 r. II FSK 935/13, LEX nr 1366170