Odpowiedź:
Tak, projekt wskazanego rozporządzenia przewiduje objęcie niektórych osób fizycznych nadzorem „dużych” urzędów skarbowych. 

Uzasadnienie:
Pytanie nawiązuje do projektu z dnia 15 września 2015 r. rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie określenia kategorii podatników i płatników obsługiwanych przez naczelnika urzędu skarbowego innego niż właściwego miejscowo.
Rozporządzenie to ma dotyczyć, między innymi, osób fizycznych, z wyłączeniem podatników podatku od spadków i darowizn (zob. § 2 pkt 9 projektu rozporządzenia). Nie ma to jednak dotyczyć wszystkich osób fizycznych, lecz tylko tych osób fizycznych, które w ostatnim roku podatkowym osiągnęły przychód netto ze sprzedaży towarów, wyrobów i usług o równowartości w walucie polskiej co najmniej 3.000.000 euro ustalonego na podstawie sprawozdania finansowego sporządzonego zgodnie z przepisami ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (tekst jedn.: Dz. U. z 2013 r. poz. 330 z późn. zm.) – dalej u.o.r. W przypadku małżonków, którzy na ich wniosek podlegają łącznemu opodatkowaniu, spełnienie tego warunku ma być ustalane osobno dla każdego z małżonków (zob. § 3 ust. 1 projektu rozporządzenia).
Właściwym do obsługi osób fizycznych, o których mowa, ma być niekiedy Naczelnik Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie. Dotyczyć to ma większości osób fizycznych, którzy w ostatnim roku podatkowym osiągnęli przychód netto o równowartości w walucie polskiej co najmniej 50.000.000 euro (zob. § 6 ust. 1 pkt 1 projektu rozporządzenia). W przypadku pozostałych osób fizycznych, o których mowa, właściwi mają być naczelnicy „dużych” urzędów skarbowych wymienieni w załączniku nr 1 do projektu rozporządzenia (zob. § 6 ust. 1 pkt 2 projektu rozporządzenia).
W uzupełnieniu pragnę wyjaśnić, że trudno na dzień dzisiejszy spekulować kiedy (z dniem 1 stycznia 2016 r. czy z rocznym opóźnieniem) powyższe przepisy wejdą w życie. Zważywszy, że będą to przepisy wykonawcze, mogą one wejść w życie z dniem 1 stycznia 2016 r. nawet, jeżeli zostaną opublikowane 31 grudnia 2015 r.
Zakładając, że omawiane przepisy wejdą w życie z dniem 1 stycznia 2016 r., zeznania PIT (np. PIT-36L) będą musiały zostać złożone w dotychczasowych urzędach skarbowych, tj. w urzędach skarbowych właściwych na dzień 31 grudnia 2015 r. Podobnie na rachunek tych urzędów skarbowych wpłacane powinny być zaliczki za grudzień 2015 r., podatek wynikający z deklaracji VAT-7 za grudzień 2015 r. czy kwota do zapłaty wynikająca zeznania PIT za 2015 r.
Jednocześnie pragnę wyjaśnić, że zmiana właściwości urzędu skarbowego osoby fizycznej na „duży” dotyczyć będzie wszystkich obszarów, w tym takich jak wydawanie zaświadczeń o braku zaległości czy zaświadczeń o wysokości pomocy de minimis (w zakresie w jakim zaświadczenia takie są wydawane przez naczelników urzędów skarbowych).
Jednocześnie ze wskazanego projektu wynika, że zmiana naczelnika urzędu skarbowego  w sprawach ewidencji podatników i płatników powstała w wyniku zmiany warunków zaliczania podmiotów do odpowiedniej kategorii podatników i płatników obsługiwanych przez innego niż właściwy miejscowo naczelnik urzędu skarbowego nie wymaga dokonania przez podmiot zgłoszenia aktualizacyjnego (zob. § 13 pkt 1 projektu rozporządzenia). A zatem objęcie niektórych osób fizycznych właściwością jednego z „dużych” urzędów skarbowych nie będzie wiązało się z koniecznością aktualizacji przez te osoby wniosku o wpis do Centralnej Ewidencji i Informacji o Działalności Gospodarczej (który jest zgłoszeniem aktualizacyjnym podatników będących osobami fizycznymi wykonującymi działalność gospodarczą – zob. art. 5 ust. 5a ustawy z dnia 13 października 1995 r. o zasadach ewidencji i identyfikacji podatników i płatników (tekst jedn.: Dz. U. z 2012 r. poz. 1314 z późn. zm.)). Przeniesienie do nowego urzędu skarbowego ma następować automatycznie, przy czym wskazany projekt nie przewiduje zawiadamiania o tym fakcie podatników.
Na zakończenie pragnę wyjaśnić, że objęcie osób fizycznych właściwością nowych urzędów skarbowych oznaczać będzie zmianę numerów rachunków bankowych do wpłat podatków na rachunki bankowe tych nowych urzędów skarbowych. Dotyczyć to będzie podatków za okresy, w których te urzędy skarbowe będą właściwe dla osób fizycznych, czyli za okresy rozliczeniowe począwszy od stycznia 2016 r.
Tomasz Krywan, autor współpracuje z publikacją Vademecum Doradcy Podatkowego
Odpowiedzi udzielono 29.09.2015 r.