Odpowiedź:
Pożyczka, o której mowa, nie będzie podlegała podatkowi od czynności cywilnoprawnych.
Uzasadnienie:
Jak stanowi art. 2 pkt 4 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (tekst jedn.: Dz. U. z 2015 r. poz. 626) - dalej u.p.c.c., nie podlegają podatkowi od czynności cywilnoprawnych  czynności cywilnoprawne, inne niż umowa spółki i jej zmiany, jeżeli przynajmniej jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności jest:
a) opodatkowana podatkiem od towarów i usług,
b) zwolniona z podatku od towarów i usług, z wyjątkiem:
– umów sprzedaży i zamiany, których przedmiotem jest nieruchomość lub jej część, albo prawo użytkowania wieczystego, spółdzielcze własnościowe prawo do lokalu, prawo do domu jednorodzinnego w spółdzielni mieszkaniowej lub prawo do miejsca postojowego w garażu wielostanowiskowym lub udział w tych prawach,
– umowy sprzedaży udziałów i akcji w spółkach handlowych.
 Transakcja nie podlega podatkowi od czynności cywilnoprawnych, jeśli z tytułu tej czynności jedna ze stron (albo sprzedawca albo nabywca) jest opodatkowana VAT albo zwolniona z tego podatku.
Z pytania wynika, że pożyczki udziela podmiot prowadzący działalność gospodarczą, będący przedsiębiorcą.
Jeśli podmiot prowadzący działalność gospodarczą udziela pożyczki z własnych środków (obrotowych), które to środki zaangażowane są w działalność gospodarczą, to w tym zakresie działalność gospodarczą. To powodowałoby zaś, że udzielając pożyczki działa jako podatnik VAT.
Nie ma tu znaczenia, że podmiot udzielający pożyczki ewentualnie nie ma w przedmiocie działalności zgłoszonego udzielania pożyczek. Niezależnie od tego, co dana spółka ma, a czego nie ma, wpisanego w KRS jako przedmiot działalności, to dokonując określonej czynności z zaangażowaniem aktywów, które są składnikami mienia związanego z działalnością gospodarczą, działa jako podatnik VAT.
Dawniej niektóre urzędy skarbowe uznawały, że jeśli przedmiotem działalności podatnika nie jest udzielanie pożyczek, to w sytuacji, gdy podmiot daje taką pożyczkę, to nie działa w charakterze podatnika VAT. W konsekwencji urzędy skarbowe uznawały, że taka sporadyczna pożyczka w ogóle nie podlega VAT. To zaś prowadzi je do wniosku, że nie ma podstaw do wyłączenia takiej czynności, na podstawie art. 2 pkt 4 u.p.c.c., od opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Taki pogląd wyraził przykładowo Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy w piśmie z dnia 12 grudnia 2005 r., PB4-005-SIP-M-28/05.
Obecnie jednak dominuje wśród organów podatkowych stanowisko inne. Przykładowo zob. pismo Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 9 listopada 2012 r., IPPB2/436-345/12-6/MZ.
Czynność pożyczki byłaby więc usługą wykonywaną przez podatnika VAT. Z tytułu tej pożyczki jedna ze stron (tu: pożyczkodawca) byłaby zwolniona z VAT.
Usługi pożyczek są zwolnione z VAT – zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 38 u.p.t.u. W związku z powyższym pożyczkodawca, w związku z zawarciem umowy pożyczki, jest podatnikiem, który z tytułu tej czynności jest zwolniony od podatku od towarów i usług.
Dlatego też pożyczka, o której mowa, nie podlega podatkowi od czynności cywilnoprawnych.
Niezależnie zatem od faktu, że np. niektóre z pożyczek ewentualnie podlegałyby zwolnieniu z podatku od czynności cywilnoprawnych, to udzielenie ich przez przedsiębiorców w zakresie swojej działalności powoduje, że nie podlegają one w ogóle temu podatkowi.

Adam Bartosiewicz, autor współpracuje z publikacją Vademecum Doradcy Podatkowego
Odpowiedzi udzielono 9.06.2015 r.