Odpowiedź:
Jeżeli usługa została wykonana, a faktura zaliczkowa na całość zapłaty będzie jedyną fakturą wystawioną w ramach tej transakcji, rozpoznanie kosztu uzyskania przychodu powinno być możliwe na podstawie faktury zaliczkowej. Celem uniknięcia ryzyka sporu z organem podatkowym Spółka powinna jednak oprócz faktury zaliczkowej posiadać dokumenty potwierdzające wykonanie usługi (np. protokół zdawczo-odbiorczy).

Uzasadnienie:
Jak rozumiem, kontrahent odmawia wystawienia faktury VAT dokumentującej wykonanie usługi, gdyż została wystawiona faktura na zaliczkę obejmującą całość zapłaty. Nie dokonując analizy poprawności takiego podejścia na gruncie podatku VAT, zakładam, że spółka definitywnie nie jest w stanie uzyskać powyższej faktury.
Zgodnie z art. 15 ust. 4e ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn.: Dz. U. z 2014 r. poz. 851 z późn. zm.) – dalej u.p.d.o.p. za dzień poniesienia kosztu uzyskania przychodów, z zastrzeżeniem ust. 4a i 4f-4h, uważa się dzień, na który ujęto koszt w księgach rachunkowych (zaksięgowano) na podstawie otrzymanej faktury (rachunku), albo dzień, na który ujęto koszt na podstawie innego dowodu w przypadku braku faktury (rachunku), z wyjątkiem sytuacji gdy dotyczyłoby to ujętych jako koszty rezerw albo biernych rozliczeń międzyokresowych kosztów. Tym samym, zgodnie z przepisem koszt uzyskania przychodów może być rozpoznany na podstawie faktury VAT lub innego dowodu, w przypadku jej braku.
Faktura zaliczkowa wprawdzie jest szczególnym rodzajem faktury na gruncie ustawy o VAT, niemniej nie dokumentuje ona nabycia danej usługi lub towaru, lecz jedynie wpłatę części lub (jak w tym przypadku) całości zapłaty na poczet jej nabycia. W praktyce, faktury zaliczkowe nie są uznawane przez organy podatkowe za dowód poniesienia kosztu z uwagi na brak ich ostatecznego charakteru - strony mogą zrezygnować z transakcji, a zaliczka może w pewnych okolicznościach być całkowicie lub częściowo wycofana.
W omawianym przypadku, mając na uwadze fakt, że usługa została wykonana, a faktura zaliczkowa na całość zapłaty będzie jedyną fakturą wystawioną w ramach tej transakcji, rozpoznanie kosztu uzyskania przychodu powinno być możliwe na podstawie faktury zaliczkowej. Celem uniknięcia ryzyka sporu z organem podatkowym Spółka powinna jednak oprócz faktury zaliczkowej posiadać dokumenty potwierdzające wykonanie usługi (np. protokół zdawczo-odbiorczy).

Dominik Klemens, autor współpracuje z publikacją Vademecum Głównego Księgowego
Odpowiedzi udzielono 2.10.2015 r.